Công văn 2464/TCT-KK do Tổng cục Thuế ban hành năm 2017 hướng dẫn chi tiết về chính sách hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với dự án đầu tư. Đây là văn bản quan trọng nhằm tháo gỡ các vướng mắc của doanh nghiệp trong quá trình thực hiện hoàn thuế GTGT cho các dự án đầu tư mới hoặc dự án đầu tư mở rộng, đảm bảo tính thống nhất với các quy định pháp luật thuế hiện hành.

- Đối tượng và điều kiện áp dụng hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư

• Cơ sở kinh doanh đang hoạt động nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn hoặc dự án đầu tư phân kỳ) tại cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính.
• Dự án đầu tư phải đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh và chưa đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế.
• Doanh nghiệp phải thực hiện kê khai thuế GTGT riêng đối với dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.
• Sau khi bù trừ, nếu số thuế GTGT lũy kế của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

- Nguyên tắc bù trừ và hoàn thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư

• Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư tại tỉnh, thành phố khác với nơi đóng trụ sở chính: Người nộp thuế phải lập hồ sơ khai thuế GTGT riêng cho dự án đầu tư và nộp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi đóng trụ sở chính.
• Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư được bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh tại trụ sở chính. Số thuế GTGT tối đa được bù trừ bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh tại trụ sở chính trong kỳ.
• Sau khi bù trừ, nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư tại cơ quan thuế nơi quản lý dự án hoặc nơi đóng trụ sở chính theo quy định.

- Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật. Các hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT trước ngày cơ sở kinh doanh góp đủ vốn điều lệ không được chấp nhận hoàn thuế.
• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa đáp ứng đủ điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư.
• Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/07/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.

- Hướng dẫn thủ tục và hồ sơ hoàn thuế GTGT

• Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ khai thuế GTGT cho dự án đầu tư theo mẫu số 02/GTGT ban hành kèm theo Thông tư hướng dẫn của Bộ Tài chính.
• Hồ sơ đề nghị hoàn thuế bao gồm Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước, kèm theo các tài liệu chứng minh như Giấy chứng nhận đầu tư, tài liệu về quyền sử dụng đất, chứng từ góp vốn điều lệ, và các hóa đơn, chứng từ mua vào của dự án đầu tư.
• Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra, đối chiếu số liệu kê khai và thực tế đầu tư để quyết định việc hoàn thuế, đảm bảo tính hợp pháp, hợp lệ của các hóa đơn đầu vào.