Công văn 2253/TCT-KK được Tổng cục Thuế ban hành năm 2014 nhằm hướng dẫn và tăng cường công tác quản lý, giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT). Văn bản này tập trung vào việc siết chặt quy trình kiểm tra, phân loại hồ sơ hoàn thuế và xử lý nghiêm các hành vi gian lận thuế, đảm bảo việc hoàn thuế được thực hiện đúng đối tượng, đúng quy định pháp luật.

- Phân loại hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng

• Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau: Áp dụng đối với người nộp thuế có lịch sử tuân thủ pháp luật thuế tốt, không thuộc các nhóm đối tượng có rủi ro cao về thuế. Cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế nhanh chóng dựa trên hồ sơ khai thuế của doanh nghiệp, sau đó sẽ tiến hành thanh tra, kiểm tra theo kế hoạch.
• Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau: Áp dụng bắt buộc đối với các doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế, doanh nghiệp mới thành lập dưới 12 tháng, doanh nghiệp có giao dịch đáng ngờ hoặc có dấu hiệu vi phạm pháp luật. Đối với nhóm này, cơ quan thuế phải thực hiện kiểm tra thực tế tại trụ sở người nộp thuế trước khi ra quyết định hoàn thuế.

- Tăng cường kiểm tra, xác minh hóa đơn và chứng từ thanh toán

• Xác minh tính hợp pháp của hóa đơn: Cơ quan thuế tập trung kiểm tra tính hợp pháp, hợp lệ của hóa đơn đầu vào dùng để khấu trừ, hoàn thuế. Đặc biệt lưu ý các hóa đơn mua từ các doanh nghiệp có dấu hiệu bỏ trốn, giải thể hoặc tạm ngừng hoạt động.
• Kiểm tra chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt: Yêu cầu bắt buộc phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với các hóa đơn có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên. Cơ quan thuế sẽ đối chiếu dòng tiền để đảm bảo giao dịch mua bán là có thật.
• Đối chiếu hồ sơ xuất khẩu: Đối với trường hợp hoàn thuế cho hàng hóa xuất khẩu, cơ quan thuế phải đối chiếu chặt chẽ giữa tờ khai hải quan, hợp đồng xuất khẩu, hóa đơn thương mại và chứng từ thanh toán của phía nước ngoài.

- Xử lý các trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật

• Tạm dừng hoàn thuế đối với hồ sơ nghi vấn: Khi phát hiện hồ sơ hoàn thuế có dấu hiệu gian lận, sử dụng hóa đơn bất hợp pháp hoặc có sự bất thường trong dòng tiền, cơ quan thuế có quyền tạm dừng giải quyết hoàn thuế đối với phần giá trị nghi vấn để tiến hành xác minh làm rõ.
• Chuyển hồ sơ sang cơ quan công an: Trường hợp qua kiểm tra phát hiện hành vi mua bán hóa đơn giả, lập khống hồ sơ xuất khẩu để chiếm đoạt tiền hoàn thuế của Nhà nước, cơ quan thuế có trách nhiệm chuyển toàn bộ hồ sơ vụ việc sang cơ quan điều tra để truy cứu trách nhiệm hình sự.

- Trách nhiệm của cơ quan thuế các cấp

• Đảm bảo thời hạn giải quyết: Cơ quan thuế phải tuân thủ nghiêm ngặt thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế, tránh gây phiền hà, kéo dài thời gian làm ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp.
• Nâng cao trách nhiệm của cán bộ thuế: Cán bộ, công chức thuế được giao nhiệm vụ giải quyết hồ sơ hoàn thuế phải chịu trách nhiệm về tính chính xác, khách quan của kết quả kiểm tra. Nghiêm cấm các hành vi nhũng nhiễu, gây khó khăn cho người nộp thuế.