Công văn 2061/TCT-CS được Tổng cục Thuế ban hành năm 2020 nhằm hướng dẫn và giải quyết các vướng mắc liên quan đến việc quản lý, sử dụng hóa đơn, đặc biệt là việc xử lý hóa đơn đối với các doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro, doanh nghiệp bỏ trốn hoặc ngừng hoạt động kinh doanh.

- Phạm vi áp dụng và mục tiêu của văn bản

• Văn bản tập trung hướng dẫn các cơ quan thuế địa phương thống nhất phương án xử lý đối với các trường hợp sử dụng hóa đơn của doanh nghiệp không còn hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.
• Đảm bảo tính minh bạch, ngăn chặn hành vi gian lận thuế, trốn thuế thông qua việc mua bán và sử dụng hóa đơn bất hợp pháp.
• Bảo vệ quyền lợi hợp pháp của các doanh nghiệp mua hàng hóa, dịch vụ thực tế có đầy đủ chứng từ thanh toán và hóa đơn hợp lệ trước thời điểm nhà cung cấp bỏ trốn.

- Nguyên tắc xử lý hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn, ngừng hoạt động

• Trường hợp hóa đơn phát sinh trước ngày xác định doanh nghiệp bỏ trốn: Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra, đối chiếu kỹ lưỡng các chứng từ liên quan. Nếu chứng minh được việc mua bán hàng hóa, dịch vụ là có thật, có hợp đồng, biên bản giao nhận và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (đối với giao dịch trên 20 triệu đồng) thì doanh nghiệp mua hàng vẫn được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào và tính vào chi phí được trừ khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp.
• Trường hợp hóa đơn phát sinh sau ngày xác định doanh nghiệp bỏ trốn: Các hóa đơn này được coi là hóa đơn không hợp pháp (hoặc sử dụng không hợp pháp hóa đơn). Doanh nghiệp mua hàng không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào và không được tính vào chi phí hợp lý khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp.

- Trách nhiệm của cơ quan thuế và người nộp thuế

• Đối với cơ quan thuế: Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra, giám sát việc phát hành và sử dụng hóa đơn. Kịp thời thông báo danh sách các doanh nghiệp rủi ro cao về thuế hoặc đã bỏ trốn để người nộp thuế chủ động phòng ngừa rủi ro pháp lý.
• Đối với người nộp thuế: Phải tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính xác thực của các giao dịch mua bán. Chủ động tra cứu thông tin hoạt động của đối tác trên cổng thông tin điện tử của ngành Thuế trước khi thực hiện giao dịch và nhận hóa đơn.

- Quy trình xác minh và xử lý vi phạm về hóa đơn

• Khi phát hiện dấu hiệu nghi ngờ về hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn, cơ quan thuế quản lý trực tiếp người mua sẽ gửi yêu cầu xác minh đến cơ quan thuế quản lý người bán để làm rõ dòng tiền và dòng hàng hóa thực tế.
• Trong trường hợp có dấu hiệu tội phạm trốn thuế, mua bán trái phép hóa đơn, cơ quan thuế sẽ chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra có thẩm quyền để xử lý theo quy định của pháp luật hình sự.