Trả lời công văn 3272/CT-TTHT ngày 06/5/2014 của Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh, công văn số 2145/CT-THNVDT ngày 12/5/2014 của Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa về việc sử dụng hóa đơn đối với doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập áp dụng phương pháp khấu trừ thuế theo công văn số 5485/BTC-TCT , Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ điểm b, c Khoản 3, điểm b Khoản 4 Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng;

Ngày 26/4/2014, Bộ Tài chính có công văn số 5485/BTC-TCT về việc đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp tính thuế đối với doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có quy định:

“....đối với doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có dự án đầu tư không thuộc đối tượng được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư nhưng có phương án đầu tư được người có thẩm quyền của doanh nghiệp ra quyết định đầu tư phê duyệt mà mức đầu tư từ 1 tỷ đồng trở lên thì thuộc đối tượng đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.

Khi gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp cùng với hồ sơ đăng ký thuế, doanh nghiệp, hợp tác xã đồng thời gửi đến cơ quan thuế phương án đầu tư được người có thẩm quyền ra quyết định đầu tư phê duyệt (bản photocopy có đóng dấu sao y bản chính) cùng với văn bản cam kết đầu tư, mua sắm tài sản cố định máy móc, thiết bị có giá trị từ 1 tỷ đồng trở lên trong thời gian 12 tháng. Trong thời gian 12 tháng, nếu doanh nghiệp, hợp tác xã chưa đủ điều kiện chứng minh giá trị tài sản đầu tư, mua sắm đạt mức 1 tỷ đồng hoặc trên 1 tỷ, doanh nghiệp, hợp tác xã không được phát hành hóa đơn.”

Căn cứ các hướng dẫn trên, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Nhất trí ý kiến xử lý của Cục thuế TP. Hồ Chí Minh: trường hợp trong thời gian 12 tháng, nếu doanh nghiệp, hợp tác xã chưa đủ điều kiện chứng minh giá trị tài sản đầu tư, mua sắm đạt mức 1 tỷ đồng hoặc trên 1 tỷ đồng, doanh nghiệp, hợp tác xã không được phát hành hóa đơn vì doanh nghiệp, hợp tác xã đang trong giai đoạn đầu tư không phát sinh doanh thu. Trường hợp trong thời gian đầu tư chưa đạt mức 1 tỷ đồng nếu có bán hàng thì doanh nghiệp, hợp tác xã áp dụng phương pháp tính thuế GTGT theo phương pháp tính trực tiếp kể từ khi mới thành lập và sử dụng hóa đơn bán hàng để lập và giao cho khách hàng.

- Đối với doanh nghiệp, hợp tác xã thành lập từ ngày 01/01/2014 đến ngày 28/2/2014: Thực hiện theo hướng dẫn tại công văn số 3795/BTC-TCT ngày 26/3/2014 của Bộ Tài chính.

- Đối với doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập từ ngày 01/01/2014 đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp, đã đặt in hóa đơn bán hàng hoặc đã mua bán hàng của cơ quan thuế để sử dụng, đã nộp hồ sơ khai thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp thì áp dụng phương pháp tính trực tiếp cho năm 2014 và xác định lại phương pháp tính thuế cho năm 2015, 2016 trên cơ sở doanh thu của năm 2014.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh, Cục thuế tỉnh Khánh Hòa được biết./.