Bộ Tài chính nhận được phản ánh vướng mắc Cục Hải quan tỉnh Đồng Nai, Cục Hải quan tỉnh Bình Dương và một số doanh nghiệp đề nghị hướng dẫn xử lý thuế GTGT đã nộp đối với hàng nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu (danh sách các doanh nghiệp có vướng mắc kiến nghị kèm theo). Về vấn đề này, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

Căn cứ khoản 1 Điều 156 Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật số 80/2015/QH13, thì: “Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng từ thời điểm bắt đầu có hiệu lực. Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng đối với hành vi xảy ra tại thời điểm mà văn bản đó đang có hiệu lực. Trong trường hợp quy định của văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực trở về trước thì áp dụng theo quy định đó”;

Căn cứ khoản 20 Điều 5 Luật thuế GTGT số 13/2008/QH12 thì nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng hóa xuất khẩu theo hợp đồng sản xuất, gia công xuất khẩu ký kết với bên nước ngoài thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT;

Căn cứ khoản 13 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế, khoản 1 Điều 29 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ, điểm a khoản 1 Điều 49 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính quy định về tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa;

Căn cứ khoản 3 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế số 106/2016/QH13, thì: “Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hóa nhập khẩu để xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật hải quan”;

Căn cứ khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ, thì: “Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật hải quan và các văn bản hướng dẫn”;

Căn cứ điểm d1 khoản 2 Điều 129 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính, thì: “Người nộp thuế chưa phải kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng của số lượng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu còn tồn kho, chưa đưa vào sản xuất hoặc đã sản xuất sản phẩm nhưng chưa xuất khẩu sản phẩm trên cơ sở kết quả kiểm tra theo quy định tại Điều 59 Thông tư này. Trường hợp đã nộp thuế giá trị gia tăng trước ngày Thông tư này có hiệu lực thì khi thực tế xuất khẩu sản phẩm sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, người nộp thuế được hoàn lại tiền chậm nộp thuế giá trị gia tăng (nếu có) theo hướng dẫn tại Điều 49 Thông tư này”;

Theo hướng dẫn tại công văn số 18304/BTC-TCHQ ngày 16/12/2014 của Bộ Tài chính về hoàn trả thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa.

1. Đối với tờ khai xuất khẩu trước ngày 01/7/2016.

Trường hợp người nộp thuế đã nộp thuế GTGT hàng hóa nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu cho cơ quan hải quan nhưng chưa được cơ quan Thuế hoàn (hoặc đã nộp Ngân sách Nhà nước số tiền thuế thu hồi theo quyết định truy thu của cơ quan thuế) thì cơ quan hải quan thực hiện hoàn thuế GTGT cho người nộp thuế.

Trường hợp người nộp thuế đã nộp thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu cho cơ quan hải quan, số tiền thuế GTGT đã được cơ quan thuế hoàn thì cơ quan thuế không thực hiện thu hồi số tiền thuế GTGT đã hoàn.

Trường hợp người nộp thuế đã kê khai, khấu trừ số thuế GTGT đã nộp thừa khâu nhập khẩu với cơ quan thuế nhưng chưa được hoàn thì cơ quan thuế hướng dẫn người nộp thuế thực hiện kê khai điều chỉnh lại số thuế GTGT đã nộp thừa khâu nhập khẩu và không tính tiền chậm nộp trong trường hợp kê khai điều chỉnh giảm với cơ quan thuế số thuế GTGT đầu vào đã nộp tại khâu nhập khẩu. Người nộp thuế nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT cho cơ quan hải quan.

Trên cơ sở kiến nghị của người nộp thuế, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế đăng ký tờ khai hải quan phối hợp với người nộp thuế để xác định chi tiết theo từng tờ khai nhập khẩu về số tiền thuế GTGT đã nộp cho cơ quan hải quan; số tiền thuế GTGT đã được cơ quan thuế hoàn, số tiền thuế GTGT còn lại chưa được hoàn; số tiền thuế GTGT đề nghị cơ quan hải quan tiếp tục hoàn:

Các Chi cục Hải quan tổng hợp số liệu về số tiền thuế GTGT nộp nhầm, nộp thừa, số tiền thuế GTGT đã được cơ quan thuế hoàn, số tiền thuế GTGT còn lại cơ quan hải quan tiếp tục hoàn, đối chiếu với dữ liệu trên hệ thống kế toán tập trung tổng hợp số liệu báo cáo về Cục Hải quan tỉnh, thành phố.

2. Cục Hải quan tổng hợp số liệu, phối hợp với Cục Thuế và Kho bạc Nhà nước tỉnh, thành phố xác định số tiền thuế GTGT của các tờ khai nhập khẩu hàng hóa để sản xuất xuất khẩu (trong giai đoạn nêu trên) đã được Cục Thuế hoàn thuế GTGT từ dự toán cho người nộp thuế để thực hiện điều chỉnh giảm chi hoàn thuế GTGT từ dự toán hoàn thuế GTGT đồng thời tăng chi hoàn thuế GTGT do nộp nhầm nộp thừa. Căn cứ văn bản đề nghị của Cục Hải quan (có xác nhận của Cục Thuế), Kho bạc Nhà nước thực hiện điều chỉnh hạch toán giảm chi hoàn thuế GTGT (TK 8993 - Chi hoàn thuế GTGT không kiểm soát dự toán) đồng thời hạch toán chi hoàn thuế GTGT do nộp nhầm, nộp thừa (TK 8951- Chi NS theo quyết định của cấp có thẩm quyền), số tiền thuế GTGT nêu trên được hạch toán vào niên độ 2017.”

Sau khi Cục Hải quan, Cục Thuế, Kho bạc Nhà nước tỉnh, thành phố thống nhất về số tiền thuế GTGT cơ quan hải quan còn phải hoàn cho doanh nghiệp, các Chi cục Hải quan thực hiện xử lý hoàn tiền thuế GTGT cho các doanh nghiệp theo quy định tại Điều 49 Thông tư số 38/2015/TT-BTC.

3. Đối với các tờ khai xuất khẩu phát sinh từ ngày 01/7/2016 trở đi, việc xử lý thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu) thực hiện theo Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế số 106/2016/QH13, Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ, Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính và các văn bản hướng dẫn sửa đổi, bổ sung.

Bộ Tài chính thông báo để Cục Hải quan, Cục Thuế, Kho bạc Nhà nước tỉnh Đồng Nai, Bình Dương, Hà Nam Ninh, Hà Nam biết và thực hiện./.

DANH SÁCH DOANH NGHIỆP

VƯỚNG MẮC VỀ THUẾ GTGT ĐỐI VỚI HÀNG NHẬP KHẨU ĐỂ SXXK
(Kèm theo công văn số 16836/BTC-TCHQ ngày 13/12/2017 của Bộ Tài chính)