Công văn 1426/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành năm 2023 là văn bản hướng dẫn quan trọng về chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT), đặc biệt tập trung vào vấn đề hoàn thuế GTGT đối với các dự án đầu tư của doanh nghiệp. Văn bản này giúp làm rõ các điều kiện, thủ tục và nguyên tắc khấu trừ, hoàn thuế nhằm đảm bảo quyền lợi hợp pháp cho người nộp thuế và thống nhất trong công tác quản lý thuế của các cơ quan thuế địa phương.

• Đối tượng và điều kiện áp dụng hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư: Doanh nghiệp đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố) đang trong giai đoạn đầu tư sẽ được xem xét hoàn thuế GTGT nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện theo quy định của pháp luật về thuế và đầu tư.
• Nguyên tắc bù trừ thuế GTGT: Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư phát sinh trong giai đoạn đầu tư phải được kê khai, bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ, nếu số thuế GTGT lũy kế của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được xét hoàn thuế GTGT.
• Quy định đối với ngành nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện: Trường hợp dự án đầu tư thuộc ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng doanh nghiệp chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề có điều kiện hoặc chưa đủ điều kiện kinh doanh theo quy định của pháp luật chuyên ngành thì chưa đủ điều kiện để được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư đó.
• Yêu cầu về góp vốn điều lệ: Doanh nghiệp phải thực hiện góp đủ số vốn điều lệ đã đăng ký theo quy định của pháp luật về doanh nghiệp mới được xem xét giải quyết hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Để đảm bảo việc hoàn thuế GTGT được thực hiện đúng quy định, Tổng cục Thuế yêu cầu các Cục Thuế địa phương hướng dẫn người nộp thuế thực hiện các bước sau:

• Kê khai thuế riêng cho dự án đầu tư: Người nộp thuế phải lập hồ sơ khai thuế GTGT riêng cho dự án đầu tư (mẫu số 02/GTGT) và thực hiện bù trừ với tờ khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (mẫu số 01/GTGT).
• Kiểm tra, giám sát hồ sơ hoàn thuế: Cơ quan thuế có trách nhiệm kiểm tra tính hợp pháp, hợp lệ của hồ sơ hoàn thuế, đối chiếu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, hóa đơn mua vào và việc thực hiện nghĩa vụ góp vốn của doanh nghiệp trước khi ra quyết định hoàn thuế.

Công văn 1426/TCT-CS năm 2023 đóng vai trò là cơ sở pháp lý giúp tháo gỡ các vướng mắc thực tế cho doanh nghiệp trong quá trình triển khai dự án đầu tư mới. Doanh nghiệp cần lưu ý rà soát kỹ tiến độ góp vốn, các giấy phép con đối với ngành nghề kinh doanh có điều kiện và thực hiện kê khai đúng mẫu biểu để tránh rủi ro bị từ chối hoàn thuế hoặc bị xử lý vi phạm hành chính về thuế.