Công văn 13696/CT-TTHT do Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh ban hành hướng dẫn chi tiết về việc kê khai và nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các đơn vị trực thuộc của doanh nghiệp. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp các doanh nghiệp xác định đúng nghĩa vụ thuế, địa điểm nộp thuế và phương thức phân bổ thuế GTGT giữa trụ sở chính và các chi nhánh, văn phòng đại diện hoặc cơ sở sản xuất trực thuộc.

Các nội dung trọng tâm của Công văn 13696/CT-TTHT:

1. Kê khai thuế GTGT đối với đơn vị trực thuộc cùng tỉnh, thành phố với trụ sở chính

• Trường hợp đơn vị trực thuộc là cơ sở kinh doanh trực tiếp bán hàng, có phát sinh doanh thu, sử dụng hóa đơn riêng và thực hiện hạch toán đầy đủ thì phải thực hiện đăng ký thuế, kê khai và nộp thuế GTGT trực tiếp với cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị trực thuộc đó.
• Trường hợp đơn vị trực thuộc không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu hoặc là đơn vị hạch toán phụ thuộc không tự thực hiện khai thuế thì doanh nghiệp thực hiện kê khai thuế GTGT tập trung tại trụ sở chính của doanh nghiệp.

2. Kê khai thuế GTGT đối với đơn vị trực thuộc khác tỉnh, thành phố với trụ sở chính

• Đối với đơn vị trực thuộc trực tiếp bán hàng, có con dấu, tài khoản tiền gửi ngân hàng, trực tiếp bán hàng hóa, dịch vụ, kê khai đầy đủ thuế GTGT đầu vào, đầu ra và có nhu cầu kê khai nộp thuế riêng thì phải đăng ký nộp thuế riêng, sử dụng hóa đơn riêng và nộp hồ sơ khai thuế cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của chi nhánh.
• Đối với cơ sở sản xuất trực thuộc (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) đóng tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với nơi đóng trụ sở chính nhưng không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu: Doanh nghiệp thực hiện kê khai thuế GTGT tập trung tại trụ sở chính và thực hiện nộp thuế GTGT cho địa phương nơi có cơ sở sản xuất theo tỷ lệ quy định của pháp luật về thuế (thông thường là 1% hoặc 2% trên doanh thu theo giá chưa có thuế GTGT của sản phẩm sản xuất ra).

3. Nguyên tắc phân bổ và khấu trừ thuế GTGT

• Số thuế GTGT mà doanh nghiệp đã nộp cho địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc sẽ được trừ vào số thuế GTGT phải nộp của doanh nghiệp tại trụ sở chính khi thực hiện kê khai thuế.
• Doanh nghiệp có trách nhiệm lập bảng phân bổ số thuế GTGT phải nộp cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc cùng với hồ sơ khai thuế GTGT gửi cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp trụ sở chính.
• Nếu số thuế GTGT phải nộp tại trụ sở chính nhỏ hơn tổng số thuế GTGT phải nộp tại các địa phương có cơ sở sản xuất thì doanh nghiệp tự phân bổ số thuế phải nộp cho các địa phương theo tỷ lệ tương ứng với doanh thu sản xuất của từng cơ sở.

4. Ý nghĩa pháp lý và lưu ý áp dụng cho doanh nghiệp

• Văn bản giúp làm rõ trách nhiệm kê khai thuế, tránh việc chồng chéo hoặc bỏ sót nghĩa vụ thuế giữa trụ sở chính và các đơn vị trực thuộc tại các địa phương khác nhau.
• Doanh nghiệp cần chủ động rà soát, xác định rõ tính chất hoạt động của từng đơn vị trực thuộc (có trực tiếp bán hàng hay chỉ là cơ sở sản xuất, hạch toán phụ thuộc hay độc lập) để áp dụng đúng phương thức kê khai thuế GTGT theo hướng dẫn của Cục Thuế, tránh các rủi ro bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế.