Công văn 1260/TCT-CS năm 2018 do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng liên quan đến việc kê khai và khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào. Văn bản này giúp tháo gỡ các vướng mắc thực tế cho doanh nghiệp, đảm bảo việc thực hiện nghĩa vụ thuế đúng quy định pháp luật và bảo vệ quyền lợi hợp pháp của người nộp thuế.

1. Nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào

Theo các quy định pháp luật hiện hành được áp dụng trong nội dung hướng dẫn, nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào được xác định như sau:

• Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, bao gồm cả các khoản thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế bị tổn thất.
• Đối với các khoản chi phí phát sinh trước khi thành lập doanh nghiệp, nếu các sáng lập viên có văn bản ủy quyền cho tổ chức, cá nhân thực hiện chi trả hộ các khoản chi phí liên quan đến việc thành lập doanh nghiệp, mua sắm trang thiết bị, vật tư thì doanh nghiệp được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hóa đơn đứng tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền.

2. Điều kiện để được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào

Để đảm bảo hóa đơn đầu vào đủ điều kiện khấu trừ, doanh nghiệp cần đáp ứng đầy đủ các tiêu chuẩn nghiêm ngặt:

• Phải có hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu, hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
• Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ các trường hợp giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng đã bao gồm thuế GTGT.
• Các chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt phải tuân thủ đúng quy định của pháp luật hiện hành, bao gồm chứng từ thanh toán qua ngân hàng và các phương thức thanh toán không dùng tiền mặt hợp pháp khác.

3. Hướng dẫn kê khai, khấu trừ bổ sung khi có sai sót

Công văn làm rõ quy trình và thời hạn để doanh nghiệp thực hiện kê khai bổ sung nhằm bảo vệ quyền lợi khấu trừ thuế:

• Trường hợp người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót thì được hệ thống chấp nhận cho khai bổ sung hồ sơ khai thuế.
• Việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế được thực hiện vào bất kỳ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế.
• Nếu việc sai sót được phát hiện sau khi cơ quan có thẩm quyền đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra, doanh nghiệp chỉ được thực hiện các quyền lợi thuế theo phán quyết và biên bản kết luận của đoàn thanh tra, kiểm tra.

4. Ý nghĩa thực tiễn đối với hoạt động của doanh nghiệp

Hướng dẫn tại Công văn 1260/TCT-CS mang lại những tác động tích cực trong quản lý thuế của doanh nghiệp:

• Giúp doanh nghiệp chủ động rà soát hệ thống hóa đơn, chứng từ đầu vào để kịp thời phát hiện các sai sót về thông tin đơn vị, mã số thuế hoặc giá trị tính thuế.
• Tạo cơ sở pháp lý đồng nhất để các Chi cục Thuế và Cục Thuế địa phương xử lý các hồ sơ hoàn thuế, khấu trừ thuế của doanh nghiệp một cách nhanh chóng, minh bạch.
• Hạn chế tối đa các rủi ro pháp lý và nguy cơ bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế do chậm trễ hoặc sai sót trong quá trình kê khai thuế GTGT định kỳ.