Công văn 1239/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng về việc áp dụng thuế suất thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các mặt hàng thiết bị, dụng cụ chuyên dùng cho y tế nhập khẩu. Văn bản này nhằm thống nhất thực hiện pháp luật thuế, tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp và hướng dẫn chi tiết cho các Cục Hải quan địa phương trong quá trình thông quan hàng hóa.

Theo nội dung hướng dẫn, các mặt hàng thiết bị, dụng cụ chuyên dùng cho y tế nhập khẩu được áp dụng mức thuế suất thuế GTGT ưu đãi 5% nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện pháp lý sau:

• Mặt hàng phải có Giấy phép nhập khẩu do Bộ Y tế cấp theo quy định của pháp luật chuyên ngành về y tế.
• Hoặc mặt hàng phải có Giấy chứng nhận đăng ký lưu hành tự do đối với trang thiết bị y tế do Bộ Y tế cấp theo quy định.
• Thiết bị, dụng cụ nhập khẩu phải thuộc danh mục trang thiết bị y tế chuyên dùng được xác định rõ ràng theo các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT và hướng dẫn của Bộ Tài chính.

Công văn đưa ra các nguyên tắc phân loại cụ thể nhằm tránh việc áp dụng sai lệch thuế suất thuế GTGT đối với các nhóm hàng hóa khác nhau:

• Trường hợp có xác nhận chuyên dùng của Bộ Y tế: Đối với các thiết bị, dụng cụ y tế đã được Bộ Y tế xác nhận bằng văn bản hoặc được cấp phép nhập khẩu theo diện chuyên dùng cho y tế, cơ quan hải quan áp dụng thống nhất mức thuế suất thuế GTGT 5% ở cả khâu nhập khẩu và khâu kinh doanh thương mại nội địa.
• Trường hợp không có xác nhận hoặc không thuộc danh mục chuyên dùng: Đối với các mặt hàng thiết bị, dụng cụ y tế không có giấy phép nhập khẩu chuyên ngành, không có giấy chứng nhận đăng ký lưu hành hoặc không được Bộ Y tế xác nhận là thiết bị chuyên dùng cho y tế thì phải áp dụng mức thuế suất thuế GTGT thông thường là 10%.
• Đối với linh kiện, phụ tùng đi kèm: Các bộ phận, linh kiện, phụ tùng nhập khẩu đồng bộ đi kèm với thiết bị y tế chuyên dùng để lắp ráp, vận hành được áp dụng cùng mức thuế suất 5% của thiết bị chính. Trường hợp nhập khẩu rời rạc dưới dạng linh kiện thay thế thì phải áp dụng thuế suất theo mã HS và tính chất thực tế của linh kiện đó (thường là 10%).

Để đảm bảo việc thực thi đúng quy định pháp luật, Tổng cục Hải quan yêu cầu các bên liên quan thực hiện nghiêm túc các nội dung sau:

• Cục Hải quan các tỉnh, thành phố chỉ đạo các Chi cục Hải quan trực thuộc tăng cường công tác kiểm tra hồ sơ hải quan, đối chiếu thực tế hàng hóa nhập khẩu với các chứng từ, giấy phép do Bộ Y tế cấp để áp dụng đúng mức thuế suất thuế GTGT.
• Doanh nghiệp nhập khẩu có trách nhiệm khai báo trung thực, đầy đủ, chính xác thông tin về tên hàng, ký mã hiệu, chủng loại, mục đích sử dụng và xuất trình đầy đủ các chứng từ pháp lý hợp pháp để chứng minh hàng hóa đủ điều kiện hưởng thuế suất ưu đãi.
• Trong quá trình thực hiện, nếu phát sinh vướng mắc vượt thẩm quyền hoặc có sự khác biệt trong cách hiểu về danh mục thiết bị chuyên dùng, các đơn vị hải quan địa phương cần kịp thời báo cáo về Tổng cục Hải quan để phối hợp với Bộ Y tế và Bộ Tài chính giải quyết dứt điểm.