Trả lời công văn số 339/CT-KTNB ngày 22/11/2012 của Cục Thuế tỉnh Cần Thơ, công văn số 04/CV.CPCBTPXK ngày 25/2/2013 của Công ty cổ phần chế biến thực phẩm xuất khẩu miền Tây hỏi về thời hiệu xử lý vi phạm pháp luật về thuế, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Tại khoản 4 Điều 24 Luật thuế GTGT năm 1997, khoản 4 Điều 29 Luật thuế TNDN năm 1997 quy định:

“4. Nếu phát hiện và kết luận có sự khai man, trốn thuế hoặc nhầm lẫn về thuế, cơ quan thuế có trách nhiệm truy thu tiền thuế, tiền phạt hoặc hoàn trả tiền thuế trong thời hạn năm năm trở về trước, kể từ ngày kiểm tra phát hiện có sự khai man, trốn thuế hoặc nhầm lẫn về thuế. Trong trường hợp cơ sở kinh doanh không đăng ký, kê khai, nộp thuế thì thời hạn truy thu tiền thuế, tiền phạt, kể từ khi cơ sở kinh doanh bắt đầu hoạt động”.

- Tại khoản 2, khoản 3 Điều 110 Luật quản lý thuế quy định về thời hiệu xử phạt như sau:

“2. Đối với hành vi trốn thuế, gian lận thuế chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự, hành vi chậm nộp tiền thuế, khai thiếu nghĩa vụ thuế, thời hiệu xử phạt là năm năm, kể từ ngày hành vi vi phạm được thực hiện.

3. Quá thời hiệu xử phạt vi phạm pháp luật về thuế thì người nộp thuế không bị xử phạt nhưng vẫn phải nộp đủ số tiền thuế thiếu, số tiền thuế trốn, số tiền thuế gian lận vào ngân sách nhà nước”.

- Tại điểm 1.2, điểm 1.5 mục IV phần A Thông tư 61/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính quy định:

“1.2. Đối với hành vi trốn thuế, gian lận thuế chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự, hành vi chậm nộp tiền thuế, khai thiếu nghĩa vụ thuế, thời hiệu xử phạt là năm năm, kể từ ngày hành vi vi phạm được thực hiện đến ngày hành vi vi phạm được phát hiện và được lập biên bản (trừ trường hợp không phải lập biên bản).

Thời điểm xác định hành vi trốn thuế, gian lận thuế được thực hiện để tính thời hiệu xử phạt là ngày tiếp theo ngày cuối cùng của hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế hoặc hạn nộp hồ sơ khai quyết toán thuế (đối với loại thuế thực hiện quyết toán thuế) mà người nộp thuế thực hiện hành vi trốn thuế, gian lận thuế. Đối với các trường hợp theo quy định của pháp luật cơ quan thuế phải ra quyết định hoàn thuế, miễn thuế, giảm thuế thì thời điểm xác định hành vi trốn thuế là ngày tiếp theo ngày cơ quan có thẩm quyền ra quyết định hoàn thuế, miễn thuế, giảm thuế.

1.5. Quá thời hiệu xử phạt vi phạm pháp luật về thuế thì không bị xử phạt nhưng vẫn phải nộp đủ số tiền thuế thiếu, số tiền thuế trốn, số tiền thuế gian lận vào Ngân sách Nhà nước".

- Ngày 6/3/2009, Tổng cục Thuế có công văn số 757/TCT-PC gửi Cục thuế các tỉnh, thành phố hướng dẫn về xử lý vi phạm hành chính về thuế đối với trường hợp người nộp thuế kê khai, xác định nghĩa vụ thuế chưa đúng do hướng dẫn của cơ quan thuế, tại công văn có nêu:

"Trường hợp người nộp thuế thực hiện việc kê khai, xác định nghĩa vụ thuế chưa đúng do văn bản hướng dẫn của cơ quan Thuế, nếu dẫn đến việc kê khai thiếu thuế theo quy định của pháp luật thì phải xác định là do lỗi của cơ quan Thuế. Trường hợp này, cơ quan Thuế áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả là truy thu đủ số tiền thuế thiếu theo quy định và xác định trách nhiệm để xử lý vi phạm hành chính về thuế như sau:

1) Không xử phạt đối với hành vi chậm nộp tiền thuế và hành vi khai sai dẫn đến thiếu thuế đối với trường hợp:

- Người nộp thuế tự kê khai, điều chỉnh lại và nộp vào NSNN số tiền thuế thiếu.

- Cơ quan Thuế đã kiểm tra hoặc có biên bản làm việc với người nộp thuế để xác định lại nghĩa vụ thuế và người nộp thuế đã nộp vào NSNN số tiền thuế thiếu theo thông báo của cơ quan Thuế.

2) Xử phạt đối với hành vi chậm nộp tiền thuế đối với trường hợp cơ quan Thuế đã có biên bản làm việc với người nộp thuế để xác định lại nghĩa vụ thuế và thông báo cho người nộp thuế để nộp số tiền thuế thiếu vào NSNN nhưng người nộp thuế không thực hiện theo đúng thông báo của cơ quan Thuế.

Thời điểm tính phạt chậm nộp tiền thuế được tính từ ngày hết hạn nộp thuế ghi trong thông báo nộp thuế của cơ quan Thuế.

3) Các trường hợp người nộp thuế kê khai thiếu thuế do thực hiện theo các văn bản hướng dẫn của cơ quan Thuế thì cơ quan Thuế phải xác định trách nhiệm của cơ quan Thuế; công chức thuế có liên quan để xử lý theo hướng dẫn tại Phần C Thông tư số 61/2007/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện xử lý vi phạm pháp luật về thuế".

Theo công văn của Công ty cổ phần chế biến thực phẩm xuất khẩu miền Tây có trình bày: Công ty thành lập tháng 6 năm 2003, đến tháng 4 năm 2005 Công ty chuyển sở hữu cho Công ty cổ phần vật tư kỹ thuật nông nghiệp Cần Thơ theo công văn số 291/UB ngày 25/1/2005 của UBND thành phố Cần Thơ.

Sau khi thực hiện các quy định về chuyển sở hữu hoàn tất và đi vào hoạt động từ tháng 4/2005 đến hết năm 2005, Công ty có công văn số 07/CV 2006 gửi Cục thuế đăng ký thời gian ưu đãi đầu tư từ ngày 1/1/2006 và đề nghị quyết toán thuế để xác nhận thời điểm hưởng ưu đãi đầu tư. Theo đó Cục thuế Cần Thơ có quyết định số 151/QĐ-CT ngày 3/3/2006 của Cục trưởng Cục thuế Cần Thơ về việc kiểm tra quyết toán thuế tại WFC. Sau khi kiểm tra có Biên bản kiểm tra ngày  27/3/2006. Theo Biên bản kiểm tra trên số thu nhập chịu thuế của Công ty là 2.779.184 đồng, thuế suất phổ thông phải nộp là 28%, số thuế thu nhập phải nộp là 778.172 đồng.

Nay Biên bản thanh tra việc chấp hành pháp luật thuế tại WFC ngày 22/11/2011 theo Quyết định số: 1088/QĐ-CT ngày 13/10/2011 xác định lại thời gian ưu đãi đầu tư bắt đầu từ năm 2005, dẫn đến phát sinh tăng thêm số tiền thuế TNDN của năm 2007.

Theo các nội dung trình bày của công ty nêu trên, căn cứ theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật, đề nghị Cục Thuế căn cứ cụ thể từng thời điểm xảy ra hành vi vi phạm của đơn vị và văn bản quy phạm pháp luật tại thời điểm đó để xác định thời hiệu xử phạt vi phạm pháp luật về thuế để xử phạt và truy thu thuế theo quy định.

Tổng cục Thuế thông báo để các đơn vị biết./.