Thông tư số 113/2009/TT-BTC được Bộ Tài chính ban hành ngày 02 tháng 06 năm 2009 nhằm sửa đổi, bổ sung Thông tư số 66/2009/TT-BTC ngày 30 tháng 03 năm 2009 quy định chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng lệ phí cấp hộ chiếu, thị thực và các loại giấy tờ về xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh và cư trú tại Việt Nam.

Văn bản này áp dụng đối với các cơ quan nhà nước có thẩm quyền thực hiện việc cấp hộ chiếu, thị thực, giấy tờ về xuất nhập cảnh, cư trú cho công dân Việt Nam và người nước ngoài, cùng các tổ chức, cá nhân là đối tượng nộp lệ phí theo quy định của pháp luật.

• Điều chỉnh và bổ sung chi tiết mức thu lệ phí đối với một số loại giấy tờ, thị thực cấp cho người nước ngoài và công dân Việt Nam nhằm bảo đảm tính hợp lý và đồng bộ trong quá trình thực hiện.
• Quy định cụ thể mức phí áp dụng cho các trường hợp cấp mới, cấp lại do bị mất hoặc hư hỏng, gia hạn thị thực, thẻ tạm trú, thẻ thường trú và các loại giấy tờ có giá trị xuất nhập cảnh khác.
• Xác định rõ các trường hợp được miễn hoặc không phải nộp lệ phí, bao gồm khách mời của Đảng, Nhà nước, hoặc các đối tượng được hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao theo quy định pháp luật và các điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên.

• Lệ phí cấp hộ chiếu, thị thực và các giấy tờ liên quan được thu bằng Đồng Việt Nam (VND) hoặc Đô la Mỹ (USD) tùy thuộc vào cơ quan thực hiện thu phí ở trong nước hay tại các cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài.
• Quy định nguyên tắc áp dụng tỷ giá hối đoái khi quy đổi từ USD sang VND tại thời điểm thu phí để đảm bảo tính thống nhất, chính xác trong công tác hạch toán kế toán và nộp ngân sách.

• Cơ quan trực tiếp thu lệ phí được trích để lại một tỷ lệ phần trăm nhất định trên tổng số tiền lệ phí thực thu để trang trải chi phí cho việc in ấn biểu mẫu, văn phòng phẩm, trang thiết bị phục vụ công tác quản lý và thu lệ phí.
• Toàn bộ số tiền lệ phí còn lại sau khi trừ đi phần được để lại theo chế độ phải được nộp kịp thời vào ngân sách nhà nước theo đúng chương, mục, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.
• Cơ quan thu lệ phí có trách nhiệm mở sổ sách kế toán theo dõi chặt chẽ, thực hiện kê khai, nộp và quyết toán định kỳ với cơ quan thuế trực tiếp quản lý theo đúng quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Thông tư số 113/2009/TT-BTC có hiệu lực thi hành sau 45 ngày kể từ ngày ký ban hành. Các nội dung khác liên quan đến lệ phí cấp hộ chiếu, thị thực và các giấy tờ về xuất nhập cảnh không sửa đổi tại Thông tư này vẫn thực hiện theo quy định tại Thông tư số 66/2009/TT-BTC.