Chủ đầu tư dự án thuộc các chương trình mục tiêu quốc gia mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước; Khi có khối lượng thanh toán thì chủ đầu tư gửi hồ sơ thanh toán (tạm ứng) đến Kho bạc Nhà nước địa phương cùng giấy đề nghị thanh toán; Kho bạc Nhà nước thực hiện việc kiểm soát thanh toán.
Đối với vốn đầu tư và vốn sự nghiệp có tính chất đầu tư Hồ sơ gửi lần đầu: - Dự án đầu tư hoặc Báo cáo kinh tế- kỹ thuật (bản chính hoặc sao y); - Quyết định đầu tư hoặc phê duyệt Báo cáo kinh tế - kỹ thuật của cấp có thẩm quyền (bản chính hoặc sao y); - Các văn bản lựa chọn nhà thầu theo quy định của Luật Đấu thầu. - Dự toán chi tiết của từng hạng mục (bản chính hoặc sao y) - Hợp đồng giữa chủ đầu tư và nhà thầu (bản chính hoặc sao y) - Kế hoạch vốn năm do cấp có thẩm quyền giao Hồ sơ tạm ứng vốn: - Giấy đề nghị thanh toán vốn đầu tư. - Giấy rút vốn đầu tư. - Trường hợp trong hợp đồng giữa chủ đầu tư và nhà thầu thoả thuận có bảo lãnh tiền tạm ứng thì phải gửi: Bảo lãnh tiền tạm ứng. Hồ sơ thanh toán: - Bảng xác định giá trị khối lượng công việc hoàn thành theo hợp đồng (bản chính hoặc sao y) - Giấy đề nghị thanh toán vốn đầu tư. - Giấy rút vốn đầu tư.
Đối với chi thường xuyên: - Dự toán được duyệt (bản chính hoặc sao y) - Giấy rút dự toán ngân sách nhà nước - Giấy đề nghị thanh toán tạm ứng; - Giấy nộp trả kinh phí (nếu có). Đối với chi thanh toán cá nhân - Bảng đăng ký biên chế, quỹ tiền lương, sinh hoạt phí đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền duyệt; - Bảng tăng giảm biên chế, quỹ tiền lương, sinh hoạt phí đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền duyệt. Đối với thuê lao động là hợp đồng lao động với các nội dung ghi trong hợp đồng. Đối với chi nghiệp vụ chuyên môn, khoản chi thường xuyên khác: Các hồ sơ chứng từ có liên quan như hợp đồng, hoá đơn, giấy thanh toán. Đối với chi mua sắm đồ dùng, trang thiết bị, phương tiện làm việc, sữa chữa tài sản cố định: - Dự toán chi tiết cho việc mua sắm sửa chữa được cơ quan cấp trên phê duyệt; - Các văn bản lựa chọn nhà thầu theo quy định của Luật Đấu thầu. - Hợp đồng mua sắm (bản chính hoặc sao y). - Phiếu báo giá với những trường hợp mua sắm nhỏ không có hợp đồng
