Điều 132 Thông tư 38/2015/TT-BTC Quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

a) Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt thì thực hiện hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt cho người nộp thuế theo đúng quy định;

b) Trường hợp người nộp thuế phải nộp tờ khai hải quan giấy trong hồ sơ hoàn thuế, khi bù trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp lần sau của người nộp thuế, cơ quan hải quan đóng dấu trên tờ khai hải quan (bản gốc người khai hải quan lưu và bản gốc lưu tại đơn vị hải quan) được trừ thuế với nội dung "Số tiền thuế được trừ... đồng, theo Quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa số... ngày... tháng... năm... của... và Quyết định khấu trừ số... ngày... tháng... năm... của..."; đồng thời đóng dấu ghi rõ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã trừ và số, ngày, tháng, năm của tờ khai hải quan được bù trừ lên bản chính quyết định hoàn thuế, các tờ khai hải quan được hoàn thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, chứng từ nộp thuế của tờ khai hải quan được hoàn thuế để theo dõi (Mẫu dấu thực hiện theo mẫu số 18/MDHT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm theo Thông tư này);

c) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của các lô hàng cùng loại hình nhập khẩu phải nộp vào tài khoản tiền gửi, cơ quan hải quan thực hiện bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn với số tiền thuế, tiền chậm nộp hoặc tiền phạt người nộp thuế còn nợ;

d) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của các lô hàng không cùng loại hình nhập khẩu phải nộp ngân sách, cơ quan hải quan viết giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước hoặc giấy nộp tiền vào tài khoản để nộp thay người nộp thuế theo đúng số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt người nộp thuế còn nợ;

đ) Trường hợp sau khi đã thực hiện bù trừ như nêu trên mà còn thừa, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt được hoàn, nộp thừa làm thủ tục hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn lại cho người nộp thuế;

e) Trường hợp người nộp thuế đề nghị không hoàn trả lại tiền thuế được hoàn hoặc tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn thừa sau khi đã thực hiện thanh toán hết các khoản nợ theo thứ tự thanh toán tiền thuế mà đề nghị cho bù trừ vào số tiền thuế phát sinh của hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần sau, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn, tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thực hiện bù trừ theo đề nghị của người nộp thuế như hướng dẫn tại điểm c, d khoản này;

g) Khi hoàn thuế, bù trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp lần sau của người nộp thuế, cơ quan hải quan cập nhật quyết định hoàn thuế, các tờ khai hải quan được hoàn thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, chứng từ nộp thuế của tờ khai hải quan được hoàn thuế để theo dõi trên hệ thống kế toán tập trung.

a) Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và không yêu cầu bù trừ vào số tiền thuế phải nộp của lần tiếp theo, cơ quan hải quan gửi giấy đề nghị hoàn thuế kèm theo quyết định hoàn thuế cho Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế. Trường hợp cơ quan hải quan đã bù trừ một phần tiền thuế có cùng sắc thuế hoặc giữa các sắc thuế với nhau tại cùng địa bàn thu ngân sách thì trong giấy đề nghị hoàn thuế gửi Kho bạc Nhà nước ghi rõ số tiền còn lại của quyết định hoàn thuế đề nghị được hoàn. Căn cứ quyết định hoàn thuế do cơ quan hải quan ban hành, Kho bạc Nhà nước thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế;

b) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của các lô hàng khác, nếu có đề nghị bù trừ các khoản được hoàn trả với khoản phải nộp thì phải lập Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước (mẫu số C1-05/NS kèm theo Thông tư số 08/2013/TT-BTC ngày 10/01/2013 của Bộ Tài chính về hướng dẫn thực hiện kế toán áp dụng cho Hệ thống thông tin quản lý ngân sách và nghiệp vụ Kho bạc (TABMIS), trong đó ghi rõ nội dung phần đề nghị bù trừ cho khoản phải nộp, gửi cơ quan hải quan nơi hoàn trả để xem xét giải quyết. Sau khi cơ quan hải quan kiểm tra, xác định số thuế được bù trừ có cùng sắc thuế hoặc giữa các sắc thuế với nhau tại cùng địa bàn thu ngân sách thì gửi giấy đề nghị hoàn thuế kèm theo quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách Nhà nước cho Kho bạc Nhà nước hoặc Ngân hàng thương mại nơi hoàn trả thuế để Kho bạc Nhà nước hoặc Ngân hàng thương mại hạch toán theo quy định.

a) Trường hợp nộp thừa trong năm ngân sách, trước khi kết thúc thời hạn chỉnh lý quyết toán ngân sách nhà nước và chưa kê khai, khấu trừ với cơ quan thuế (trong trường hợp nộp nhầm, nộp thừa thuế giá trị gia tăng), nếu người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp và đề nghị nộp cho số tiền còn nợ thì thực hiện điều chỉnh theo mẫu C1-07/NS ban hành kèm theo Quyết định số 759/QĐ-BTC ngày 16/4/2013 của Bộ Tài chính;

b) Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp và đề nghị được hoàn trả số tiền thuế tiền chậm nộp, tiền phạt nộp nhầm, nộp thừa:

b.1) Cơ quan hải quan ban hành Quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 11/QĐHT/TXNK phụ lục VI ban hành kèm Thông tư này, lập lệnh hoàn trả khoản thu Ngân sách nhà nước (bao gồm các liên gửi các đối tượng liên quan như quy định tại Thông tư số 128/2008/TT-BTC và 01 bản gửi cho cơ quan thuế sau khi có xác nhận đã hoàn thuế của KBNN trong trường hợp hoàn trả tiền thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa) (theo mẫu C1-04/NS ban hành kèm theo Quyết định số 759/QĐ-BTC ngày 16/4/2013 của Bộ Tài chính)) gửi Kho bạc Nhà nước nơi đã hạch toán thu Ngân sách nhà nước để thực hiện hoàn trả và đóng dấu xác nhận đã hoàn thuế trên Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách Nhà nước cho người nộp thuế theo quy định;

b.2) Cơ quan hải quan nơi ban hành quyết định xử lý tiền thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa khâu nhập khẩu gửi 01 bản Quyết định hoàn thuế, Kho bạc Nhà nước có trách nhiệm gửi 01 Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước có xác nhận đã hoàn trả khoản thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu nộp nhầm nộp thừa cho Cục Thuế quản lý người nộp thuế để cơ quan thuế làm cơ sở đối chiếu và thu hồi số tiền thuế giá trị gia tăng đã khấu trừ hoặc đã hoàn thuế (nếu có) của các chứng từ nộp thuế đã được cơ quan hải quan điều chỉnh hoặc hoàn thuế tại cơ quan hải quan theo quy định;

b.3) Người nộp thuế có trách nhiệm tự kê khai điều chỉnh số tiền thuế giá trị gia tăng đã được cơ quan hải quan hoàn nhưng đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được cơ quan thuế hoàn thuế.

a) Trường hợp bù trừ tiền thuế, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừaphải đối chiếu trên hệ thống kế toán tập trung và xử lý theo trình tự như sau:

a.1) Nếu người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt thì thực hiện hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt cho người nộp thuế theo đúng quy định;

a.2) Khi bù trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp lần sau của người nộp thuế, cơ quan hải quan cập nhật trên hệ thống kế toán tập trung theo chi tiết tờ khai.

b) Trường hợp Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế đồng thời là Kho bạc Nhà nước nơi thu thuế thì việc hạch toán hoàn trả thực hiện theo hướng dẫn tại điểm a khoản 2 Điều này. Việc hạch toán thu ngân sách thực hiện theo lệnh thu của cơ quan hải quan, thanh toán số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn thừa (nếu có) cho người nộp thuế;

c) Trường hợp Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế khác với Kho bạc Nhà nước nơi thu thuế thì Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả hạch toán hoàn trả thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này chuyển số tiền được hoàn trả cùng với lệnh thu ngân sách của cơ quan hải quan cho Kho bạc Nhà nước nơi thu thuế để hạch toán thu ngân sách Nhà nước theo đúng nội dung ghi trên lệnh thu, thanh toán số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn thừa (nếu có) cho người nộp thuế.

Kho bạc Nhà nước sau khi thực hiện hoàn trả thuế gửi một (01) bản chứng từ hoàn trả thuế cho cơ quan hải quan nơi ban hành quyết định hoàn thuế/hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa để theo dõi, quản lý.