Mục 3 Chương 1 Thông tư 328/2016/TT-BTC hướng dẫn thu và quản lý các khoản thu ngân sách nhà nước qua Kho bạc Nhà nước do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

c) Người nộp NSNN được miễn, giảm, hoàn thuế theo quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

d) Các khoản hoàn trả theo quy định hiện hành của pháp luật về thuế và các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan.

đ) Người nộp NSNN có số tiền thuế, tiền phạt và thu khác đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền phạt và thu khác phải nộp đối với từng loại thuế.

2. Quy trình, thủ tục hoàn trả:

a) Trường hợp hoàn trả các khoản thu do cơ quan Thuế, Hải quan quản lý: Quy trình, thủ tục hoàn trả được thực hiện theo quy định tại Thông tư số 99/2016/TT-BTC ngày 29 tháng 6 năm 2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng; Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06 tháng 11 năm 2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22 tháng 7 năm 2013 của Chính phủ; Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25 tháng 3 năm 2015 của Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và các văn bản sửa đổi, bổ sung (nếu có).

b) Trường hợp hoàn trả các khoản thu không do cơ quan Thuế, Hải quan quản lý: Quy trình, thủ tục hoàn trả được thực hiện như sau:

Cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định hoàn trả (cơ quan có thẩm quyền quyết định thu hoặc cơ quan cấp trên của cơ quan ra quyết định thu) có trách nhiệm đối chiếu nội dung hồ sơ đề nghị hoàn trả với các chứng từ thu NSNN của khoản đã nộp trước đó (nhận bản sao chứng từ nộp tiền vào KBNN đối chiếu với bản chính), nếu phù hợp thì lập lệnh hoàn trả khoản thu NSNN, chuyển cho KBNN nơi đã thu NSNN để thực hiện hoàn trả cho người nộp NSNN.

Trong thời gian 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được lệnh hoàn trả, KBNN thực hiện kiểm tra tính hợp pháp, hợp lệ của lệnh hoàn trả với chứng từ nộp tiền trước đó, nếu phù hợp thì làm thủ tục hoàn trả cho người được hoàn trả; nếu không phù hợp, thì đề nghị người được hoàn trả hoặc cơ quan có thẩm quyền bổ sung, hoàn chỉnh.