Điều 21 Thông tư 201/2013/TT-BTC hướng dẫn áp dụng Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA) trong quản lý thuế do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

1. Trong thời gian thực hiện APA, người nộp thuế thực hiện việc điều chỉnh thu nhập chịu thuế phù hợp với mức giá hoặc tỷ suất lợi nhuận gộp hoặc tỷ suất sinh lời đã được quy định tại APA để thực hiện khai nộp thuế theo quy định.

2. Đối với trường hợp đã nộp tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp cho những năm áp dụng APA trước khi ký APA, người nộp thuế phải khai bổ sung khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp để điều chỉnh thu nhập chịu thuế phù hợp với mức giá, tỷ suất lợi nhuận gộp, tỷ suất sinh lời (nếu có) trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày APA được ký kết, trừ trường hợp đã có quyết định kiểm tra, thanh tra thuế của cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền.

Nếu việc khai bổ sung làm tăng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp thì người nộp thuế phải nộp số tiền thuế phát sinh tăng và tiền chậm nộp tiền thuế theo mức thấp nhất theo quy định hiện hành.

Nếu việc khai bổ sung làm giảm số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp thì thực hiện thủ tục xử lý số tiền thuế nộp thừa theo quy định.

3. Trường hợp người nộp thuế chấp hành đúng các điều kiện và quy định tại APA nhưng trong quý hoặc năm có phát sinh các khoản thanh toán làm giảm nghĩa vụ thuế tạm tính quý hoặc quyết toán năm thì người nộp thuế phải có văn bản báo cáo với cơ quan thuế về các vấn đề liên quan trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày phát sinh các khoản thanh toán đó. Người nộp thuế điều chỉnh tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp sau khi có ý kiến của cơ quan thuế.

Ví dụ: Công ty A có thực hiện APA trong năm 201x với quy định thu nhập trước thuế phải đạt tỷ suất lợi nhuận trên doanh thu là 5%, tuy nhiên, năm 201x doanh nghiệp có phát sinh khoản phải trả lớn làm cho tỷ suất lợi nhuận trên doanh thu chỉ đạt 4,5%. Giả sử trên thực tế, khoản phải trả là số phát sinh của năm tài chính trước đó (năm 201x-1) và được thanh toán chuyển khoản vào ngày 2/1/201x. Như vậy, khoản thanh toán này có thể phải điều chỉnh vào chi phí được trừ của năm tài chính trước đó (năm 201x-1).

4. Trường hợp người nộp thuế có các giao dịch liên kết không thuộc phạm vi APA có tính chất giống hệt hoặc tương tự như các giao dịch liên kết thuộc phạm vi điều chỉnh của APA và các giao dịch đó chưa thực hiện theo nguyên tắc giá thị trường thì người nộp thuế có thể vận dụng phương pháp xác định giá tính thuế theo quy định tại APA để thực hiện điều chỉnh nghĩa vụ thuế theo Điều 34 (Khai bổ sung hồ sơ khai thuế) Luật Quản lý thuế.