Điều 6 Thông tư 181/2013/TT-BTC hướng dẫn thực hiện chính sách thuế và ưu đãi thuế đối với chương trình, dự án sử dụng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) và nguồn vốn vay ưu đãi của nhà tài trợ do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

a) Nhà thầu chính, nhà thầu phụ nhập khẩu hàng hóa trong quá trình thực hiện hợp đồng ký với Chủ dự án ODA viện trợ không hoàn lại nộp thuế NK, thuế TTĐB (nếu có), thuế GTGT theo quy định của Luật Thuế XK, thuế NK, Luật Thuế TTĐB, Luật Thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn hiện hành (trừ hàng hóa nhập khẩu của nhà thầu chính nêu tại Điều 5 Thông tư này).

b) Nhà thầu chính nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài được miễn thuế NK, không phải nộp thuế TTĐB (nếu có) và không chịu thuế GTGT đối với máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải nhập khẩu vào Việt Nam theo phương thức tạm nhập, tái xuất để phục vụ thi công công trình của dự án ODA viện trợ không hoàn lại và được miễn thuế XK khi tái xuất.

Hồ sơ miễn thuế NK, không thu thuế GTGT, thuế TTĐB (nếu có) khi nhập khẩu, miễn thuế XK khi tái xuất thực hiện theo hướng dẫn tại Luật Hải quan, Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Cơ quan hải quan tổ chức thực hiện việc miễn thuế NK, không thu thuế GTGT, thuế TTĐB (nếu có) khâu nhập khẩu, miễn thuế XK khi tái xuất đối với máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải tạm nhập, tái xuất để thực hiện dự án ODA viện trợ không hoàn lại cho nhà thầu chính nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài.

Khi kết thúc thời hạn thi công công trình, dự án, nhà thầu chính nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài phải tái xuất hàng hóa nêu trên. Trường hợp nhượng bán tại thị trường Việt Nam phải được sự cho phép của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền và phải khai nộp thuế NK, thuế GTGT, thuế TTĐB (nếu có) đã được miễn trước đây ở khâu nhập khẩu theo quy định của pháp luật về thuế hiện hành.

Riêng đối với xe ôtô dưới 24 chỗ ngồi và xe ôtô có thiết kế vừa chở người, vừa chở hàng tương đương xe ôtô dưới 24 chỗ ngồi không áp dụng việc miễn thuế NK, thuế TTĐB theo hình thức tạm nhập, tái xuất. Các nhà thầu chính nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài có nhu cầu nhập khẩu vào Việt Nam để sử dụng phải nộp thuế NK, thuế TTĐB theo quy định. Khi hoàn thành việc thi công công trình, dự án các nhà thầu chính nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài phải tái xuất ra nước ngoài số xe đã nhập và được hoàn lại thuế NK, thuế TTĐB theo quy định. Mức hoàn thuế và thủ tục hoàn thuế được thực hiện theo hướng dẫn tại Luật Hải quan, Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, Luật thuế TTĐB, Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

a) Nhà thầu chính cung cấp hàng hóa, dịch vụ cho Chủ dự án ODA viện trợ không hoàn lại phải nộp thuế GTGT (nếu hợp đồng ký bao gồm thuế GTGT), thuế TNDN và các loại thuế, phí, lệ phí khác theo quy định của luật pháp thuế, phí, lệ phí.

b) Nhà thầu phụ cung cấp hàng hóa, dịch vụ cho nhà thầu chính của dự án ODA viện trợ không hoàn lại phải nộp thuế GTGT, thuế TNDN và các loại thuế, phí, lệ phí khác theo quy định của luật pháp thuế, phí, lệ phí.

c) Nhà thầu chính nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài nộp thuế GTGT theo phương pháp tính trực tiếp trên GTGT, nộp thuế TNDN theo tỷ lệ % tính trên doanh thu nếu nhận thanh toán trực tiếp từ Nhà tài trợ thì nhà thầu chính nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài có trách nhiệm chuyển tiền thuế phải nộp cho Chủ dự án ODA hoặc nhà thầu chính nước ngoài để nộp thuế thay cho nhà thầu chính nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài theo hướng dẫn tại Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

d) Trường hợp nhà thầu chính (không phân biệt nhà thầu chính là đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ hay phương pháp trực tiếp) ký hợp đồng với Chủ dự án ODA hoặc Nhà tài trợ để thực hiện dự án ODA viện trợ không hoàn lại với giá không bao gồm thuế GTGT và dự án không được ngân sách nhà nước bố trí vốn đối ứng để trả thuế GTGT thì nhà thầu chính được hoàn lại số thuế GTGT đầu vào đã trả khi mua hàng hóa, dịch vụ để thực hiện hợp đồng ký với Chủ dự án, Nhà tài trợ. Việc hoàn thuế GTGT được thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 8 Thông tư này. Trường hợp dự án được ngân sách nhà nước bố trí vốn đối ứng để trả thuế GTGT thì nhà thầu chính không được hoàn thuế GTGT đầu vào đã trả đối với hàng hóa, dịch vụ mua tại Việt Nam không phân biệt hợp đồng ký giữa chủ dự án và nhà thầu chính được phê duyệt bao gồm thuế GTGT hay không bao gồm thuế GTGT. Nhà thầu chính phải khai, nộp thuế GTGT theo quy định của Luật Thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn hiện hành.

Ví dụ 2:

Công ty A ký hợp đồng với Chủ dự án ODA viện trợ không hoàn lại để thực hiện dự án "Xây dựng công trình trường học" theo giá trúng thầu không bao gồm thuế GTGT.

- Trường hợp 1: Dự án không được ngân sách nhà nước bố trí vốn đối ứng để thanh toán thuế GTGT:

Công ty A được hoàn thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho việc xây dựng công trình theo hợp đồng ký với Chủ dự án.

- Trường hợp 2: Dự án được ngân sách nhà nước bố trí vốn đối ứng để thanh toán thuế GTGT:

Công ty A không được hoàn thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho việc xây dựng công trình theo hợp đồng ký với Chủ dự án. Công ty phải khai, nộp thuế GTGT theo quy định.

Nhà thầu chính phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào mua hàng hóa, dịch vụ để thực hiện hợp đồng cung cấp hàng hóa, dịch vụ ký với Chủ dự án hoặc nhà tài trợ của dự án ODA viện trợ không hoàn lại. Trường hợp không hạch toán riêng được thuế GTGT đầu vào thì:

Trường hợp nhà thầu chính nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp thì không được hoàn thuế GTGT.

Trường hợp nhà thầu chính nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thì nhà thầu chính thực hiện khai, khấu trừ, hoàn thuế GTGT theo quy định tại Luật Thuế GTGT, Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

e) Cá nhân làm việc cho nhà thầu chính, nhà thầu phụ phải nộp thuế TNCN theo quy định của pháp luật về thuế TNCN. Trường hợp cá nhân người nước ngoài được cơ quan chủ quản dự án ODA xác nhận là chuyên gia nước ngoài thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 7 Thông tư này.