Điều 3 Quyết định 802-BYT/QĐ năm 1990 về việc tách vụ Kế hoạch - Tài chính thành hai vụ là vụ kế hoạch và vụ tài chính - kế toán do Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành

1- Lập phương án thu chi và tổng hợp dự toán thu chi tài chính các đơn vị trực thuộc và tổng hợp dự toán ngân sách toàn ngành.

2- Xét duyệt dự toán ngân sách của các đơn vị trực thuộc Bộ, thực hiện kế hoạch, cấp phát điều hoà các loại vốn của các đơn vị trực thuộc (kể cả ngoại tệ).

3- Tổng hợp ngân sách toàn ngành, xét duyệt quyết toán của các đơn vị trực thuộc, và báo cáo quyết toán lên cơ quan cấp trên.

4- Chuẩn bị thủ tục trình Bộ ban hành giá các loại thuộc quyền Bộ quyết. Tổng hợp phân tích đánh giá hoạt động kinh tế trong toàn ngành.

5- Hướng dẫn và tổ chức kiểm tra nhanh, tham gia kiểm tra sâu việc chấp hành các chế độ chi tiêu tài chính, chế độ kế toán trong các đơn vị trực thuộc. Hướng dẫn tổ chức bộ máy kế toán thực hiện việc ghi chép các biểu mẫu, sổ sách chứng từ báo biểu kế toán trong ngành theo chế độ của Nhà nước quy định.

6- Xây dựng các chế độ định mức chi tiêu tài chính, chế độ quản lý sử dụng tài sản, vật tư, tiền vốn để trình Bộ ban hành.

7- Tổ chức chỉ đạo tổng kiểm kê, điều động và thanh xử lý tài sản vật tư thuộc phạm vi quản lý của Bộ.

8- Theo dõi tổng hợp các hoạt động về tài chính của khối sản xuất kinh doanh để quản lý theo chức năng được giao tạo điều kiện thuận tiện cho khối này thực hiện các chế độ của Nhà nước quy định.

9- Thực hiện việc đào tạo, bồi dưỡng kế toán trưởng và cán bộ kế toán tài chính nhằm thường xuyên nâng cao nghiệp vụ cho đội ngũ kế toán của ngành.