Điều 2 Quyết định 802-BYT/QĐ năm 1990 về việc tách vụ Kế hoạch - Tài chính thành hai vụ là vụ kế hoạch và vụ tài chính - kế toán do Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành

1- Lập quy hoạch phát triển ngành trong phạm vi cả nước, hướng dẫn các địa phương, các ngành xây dựng quy hoạch y tế thuộc phạm vi quản lý của mình.

2- Hướng dẫn các đơn vị, các địa phương xây dựng kế hoạch theo trình tự quy định. Tổng hợp, cân đối dự án kế hoạch của các đơn vị trực thuộc Bộ cũng như của địa phương và các ngành. Khai thác mọi khả năng trong và ngoài nước để lập kế hoạch dài hạn 5 năm và hàng năm của ngành - bao gồm kế hoạch phát triển hoạt động chuyên môn, kế hoạch mạng lưới, kế hoạch lao động, kế hoạch khoa học kỹ thuật và đào tạo, kế hoạch sản xuất kinh doanh, kế hoạch đảm bảo vật chất kỹ thuật, kế hoạch tài chính, kế hoạch đầu tư xây dựng cơ bản, kế hoạch hợp tác quốc tế v.v...; Kế hoạch theo vùng; Kế hoạch động viên thời chiến, kế hoạch theo các nhiệm vụ trọng tâm hoặc đột xuất. Tổ chức bảo vệ kế hoạch, thông báo chỉ tiêu kế hoạch cho các đơn vị sau khi đã được Bộ và Nhà nước xét duyệt. Theo dõi kiểm tra đôn đốc việc thực hiện kế hoạch, kịp thời phát hiện những mất cân đối để trình Bộ và Nhà nước điều chỉnh. Thực hiện các thủ tục, hồ sơ để trình Bộ xét duyệt hoàn thành kế hoạch cho các đơn vị cơ sở thuộc Bộ quản lý.

3- Hướng dẫn thống nhất việc thực hiện các chế độ, phương pháp kế hoạch hoá do Nhà nước ban hành. Xây dựng và hướng dẫn các chế độ nghiệp công tác kế hoạch và các chế độ thể lệ trọng tài kinh tế trong ngành.

4- Lập các phương án, kế hoạch động viên quân sự thời bình và thời chiến, bảo vệ trị an, phòng thủ dân sự, huấn luyện quân sự v.v... và quy chế thực hiện luật nghĩa vụ quân sự trong ngành, quản lý đội ngũ sĩ quan và quân dự bị.

5- Hướng dẫn các nguyên tắc, chế độ thể lệ nghiệp vụ quản lý xây dựng cơ bản, quản lý các công trình y tế trong ngành. Xây dựng quy chế, quy trình tiến hành các thủ tục trình Bộ hoặc Nhà nước duyệt các công trình y tế. Quản lý quy hoạch tổng thể các công trình xây dựng trực thuộc Bộ.

6- Tổ chức thực hiện công tác thống kê trong toàn ngành xây dựng nguyên tắc, thể lệ và thống kê y tế và chế độ sử dụng số liệu thống kê của ngành. Ban hành và thống nhất quản lý các biểu mẫu và phương pháp thống kê y tế. Tổng hợp, phân tích, đánh giá các số liệu thống kê y tế. Kiểm tra, đánh giá qua các số liệu thực hiện kế hoạch và thông báo tình hình thực hiện kế hoạch. Là đầu mối duy nhất ban hành các số liệu về hoạt động của ngành y tế Việt Nam.

Xây dựng và quản lý hoạt động của tổ thống kê và máy vi tính.