Công văn về việc vướng mắc trong quyết toán thuế giá trị gia tăng (GTGT) được ban hành nhằm giải quyết và tháo gỡ các khó khăn, vướng mắc của doanh nghiệp và người nộp thuế trong quá trình thực hiện quyết toán thuế GTGT. Do các thông tin về số hiệu, cơ quan ban hành và ngày ban hành chưa được xác định cụ thể, văn bản tập trung vào việc hướng dẫn nghiệp vụ và thống nhất cách xử lý các tình huống phát sinh thực tế trong công tác quản lý thuế.

Đối tượng áp dụng của văn bản bao gồm các tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp thực hiện nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ và các cơ quan thuế các cấp chịu trách nhiệm quản lý, thanh tra, kiểm tra thuế.

• Khấu trừ thuế GTGT đầu vào: Hướng dẫn chi tiết về điều kiện khấu trừ thuế GTGT đối với các trường hợp đặc biệt như hóa đơn có sai sót về thông tin, hóa đơn mua của doanh nghiệp đã ngừng hoạt động hoặc bỏ trốn khỏi địa chỉ kinh doanh, và nguyên tắc phân bổ thuế GTGT đầu vào dùng chung cho cả hoạt động chịu thuế và không chịu thuế GTGT.
• Hồ sơ và thủ tục hoàn thuế GTGT: Làm rõ các yêu cầu pháp lý đối với chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, việc đối chiếu công nợ trong các giao dịch mua bán, và tính hợp lệ của hồ sơ lâm sản, nông sản thu mua trực tiếp từ người dân để phục vụ cho việc hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu.
• Kê khai bổ sung và điều chỉnh sai sót: Hướng dẫn người nộp thuế cách thức và thời hạn thực hiện kê khai bổ sung, điều chỉnh các chỉ tiêu trên tờ khai thuế GTGT khi tự phát hiện ra sai sót, cũng như việc xử lý số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau.
• Công tác thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế: Quy định về sự phối hợp giữa các cơ quan thuế địa phương trong việc xác minh hóa đơn, nguồn gốc hàng hóa nhằm rút ngắn thời gian giải quyết hồ sơ quyết toán và hoàn thuế cho doanh nghiệp, đồng thời ngăn chặn các hành vi gian lận hóa đơn nhằm trục lợi tiền thuế của Nhà nước.

Văn bản đóng vai trò là căn cứ hướng dẫn nghiệp vụ trực tiếp cho các Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và người nộp thuế. Các nội dung hướng dẫn tại công văn này được áp dụng thống nhất để giải quyết các hồ sơ quyết toán thuế GTGT còn vướng mắc, đảm bảo quyền lợi hợp pháp của người nộp thuế và tính nghiêm minh của pháp luật thuế.