Công văn số C3748/TCT-ĐTNN của Tổng cục Thuế là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ thuế liên quan đến việc áp dụng chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các dịch vụ trong hoạt động vận tải quốc tế. Văn bản này đóng vai trò quan trọng trong việc giúp các doanh nghiệp vận tải, logistics và các đơn vị cung ứng dịch vụ liên quan xác định đúng nghĩa vụ thuế, tránh các rủi ro pháp lý trong quá trình kê khai và hoàn thuế.

Dựa trên các quy định pháp luật về thuế GTGT, Tổng cục Thuế hướng dẫn các nguyên tắc áp dụng thuế suất đối với hoạt động vận tải quốc tế và các dịch vụ đi kèm như sau:

• Thuế suất 0% đối với vận tải quốc tế: Hoạt động vận tải quốc tế bao gồm vận tải hành khách, hành lý, hàng hóa theo chặng khứ hồi hoặc một chiều từ Việt Nam ra nước ngoài hoặc từ nước ngoài vào Việt Nam, hoặc cả chặng hoàn toàn ở nước ngoài. Để được áp dụng mức thuế suất 0%, doanh nghiệp phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện về hợp đồng, chứng từ thanh toán và chứng từ vận tải.
• Phân loại dịch vụ hỗ trợ vận tải quốc tế: Các dịch vụ hỗ trợ trực tiếp cho hoạt động vận tải quốc tế (như bốc xếp, giao nhận, lưu kho, đại lý tàu biển, dịch vụ cảng...) cần được phân định rõ ràng. Chỉ những dịch vụ thực hiện trực tiếp cho phương tiện vận tải quốc tế hoặc phục vụ trực tiếp cho chặng vận tải quốc tế mới thuộc diện xem xét áp dụng thuế suất ưu đãi theo quy định.

Để được áp dụng thuế suất GTGT 0% đối với dịch vụ vận tải quốc tế, cơ sở kinh doanh phải chuẩn bị đầy đủ hồ sơ và chứng từ chứng minh bao gồm:

• Hợp đồng vận chuyển: Phải có hợp đồng vận chuyển hành khách, hành lý, hàng hóa được ký kết giữa người vận chuyển và người thuê vận chuyển theo đúng quy định của pháp luật.
• Chứng từ thanh toán qua ngân hàng: Phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (thanh toán qua ngân hàng) từ khách hàng nước ngoài hoặc các hình thức thanh toán hợp pháp khác được pháp luật về thuế thừa nhận.
• Chứng từ vận tải hợp lệ: Có chứng từ vận tải quốc tế phù hợp (như vận đơn đường biển, vận đơn hàng không, hoặc các chứng từ vận chuyển quốc tế chuyên ngành khác).

Trong trường hợp doanh nghiệp thực hiện các dịch vụ liên quan đến vận tải quốc tế nhưng không xuất trình được đầy đủ các chứng từ, hồ sơ theo quy định (ví dụ: thiếu chứng từ thanh toán qua ngân hàng hoặc hợp đồng không rõ ràng), doanh nghiệp sẽ không được áp dụng thuế suất 0%. Khi đó:

• Doanh nghiệp phải thực hiện kê khai và nộp thuế GTGT theo mức thuế suất thông thường đối với dịch vụ tiêu dùng tại Việt Nam (thông thường là 10%).
• Các khoản thuế GTGT đầu vào liên quan đến dịch vụ không đủ điều kiện áp dụng thuế suất 0% vẫn có thể được khấu trừ nếu đáp ứng các điều kiện khấu trừ thuế đầu vào thông thường, nhưng không được hưởng chính sách hoàn thuế dành riêng cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu.

Hướng dẫn tại Công văn số C3748/TCT-ĐTNN giúp thống nhất cách hiểu và áp dụng luật thuế giữa cơ quan thuế các cấp và người nộp thuế. Doanh nghiệp cần lưu ý rà soát kỹ lưỡng hệ thống hợp đồng, quy trình thanh toán và lưu trữ chứng từ vận tải để bảo đảm quyền lợi được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào, đồng thời hạn chế tối đa việc bị truy thu thuế và phạt vi phạm hành chính khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, kiểm tra.