Công văn số 539 TCT/DNNN được Tổng cục Thuế ban hành ngày 04/03/2004 nhằm hướng dẫn và giải đáp các vướng mắc liên quan đến chính sách tiền thuê đất đối với các doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp nhà nước trong quá trình hoạt động sản xuất kinh doanh và thực hiện nghĩa vụ tài chính với ngân sách nhà nước.

Đối tượng áp dụng và phạm vi điều chỉnh của văn bản

• Công văn tập trung hướng dẫn việc xác định nghĩa vụ nộp tiền thuê đất đối với các tổ chức, cá nhân, đặc biệt là các doanh nghiệp nhà nước đang sử dụng đất thuê của Nhà nước.
• Giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện chính sách miễn, giảm tiền thuê đất theo các quy định pháp luật đất đai và thuế hiện hành tại thời điểm ban hành.

Nguyên tắc xác định và tính tiền thuê đất

• Việc tính tiền thuê đất phải căn cứ vào diện tích đất thực tế sử dụng, mục đích sử dụng đất và giá thuê đất do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định theo khung giá quy định của Chính phủ.
• Doanh nghiệp có trách nhiệm kê khai đầy đủ, chính xác diện tích đất đang quản lý, sử dụng để cơ quan thuế có cơ sở áp dụng mức thu phù hợp và chính xác.

Chính sách miễn, giảm tiền thuê đất đối với doanh nghiệp

• Hướng dẫn cụ thể về các trường hợp được hưởng ưu đãi miễn, giảm tiền thuê đất, bao gồm các dự án đầu tư thuộc lĩnh vực ưu đãi đầu tư hoặc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn, đặc biệt khó khăn.
• Quy trình, thủ tục hồ sơ để doanh nghiệp được xem xét miễn, giảm tiền thuê đất phải đảm bảo tính pháp lý, đầy đủ giấy tờ chứng minh và nộp đúng thời hạn quy định cho cơ quan thuế trực tiếp quản lý.

Trách nhiệm của cơ quan thuế và doanh nghiệp liên quan

• Cơ quan thuế địa phương có nhiệm vụ kiểm tra, đối chiếu số liệu kê khai của doanh nghiệp, xác định chính xác số tiền thuê đất phải nộp hoặc số tiền được miễn, giảm và ra thông báo kịp thời cho người nộp thuế.
• Doanh nghiệp có nghĩa vụ nộp tiền thuê đất đầy đủ, đúng hạn vào ngân sách nhà nước theo thông báo của cơ quan thuế; mọi hành vi chậm nộp hoặc khai báo sai sự thật sẽ bị xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.