Công văn số 5323 TCHQ/KTTT được Tổng cục Hải quan ban hành ngày 23/10/2003 nhằm hướng dẫn và giải quyết các vướng mắc phát sinh trong thực tế liên quan đến nghiệp vụ bù trừ tiền thuế nhập khẩu. Đây là văn bản chỉ đạo nghiệp vụ quan trọng hướng tới việc tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế, đồng thời đảm bảo công tác quản lý thu ngân sách nhà nước của cơ quan hải quan được chặt chẽ và chính xác.

Văn bản tập trung hướng dẫn các nguyên tắc và quy trình xử lý tài chính liên quan đến việc bù trừ thuế nhập khẩu, cụ thể bao gồm:

• Nguyên tắc thực hiện bù trừ thuế: Cho phép người nộp thuế được bù trừ số tiền thuế nhập khẩu đã nộp thừa hoặc số tiền thuế được hoàn (theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền) vào số tiền thuế nhập khẩu còn nợ, hoặc trừ vào số thuế phải nộp của các lô hàng nhập khẩu tiếp theo.
• Thẩm quyền và trách nhiệm của cơ quan Hải quan: Quy định rõ nhiệm vụ của các Cục Hải quan tỉnh, thành phố và các Chi cục Hải quan cửa khẩu trong việc kiểm tra, đối chiếu số liệu nợ thuế, xác định chính xác số thuế được hoàn trả trước khi thực hiện lệnh bù trừ trên hệ thống kế toán thuế.
• Thủ tục và hồ sơ đề nghị bù trừ: Hướng dẫn doanh nghiệp chuẩn bị các văn bản, chứng từ chứng minh số thuế nộp thừa hoặc số thuế được hoàn, kèm theo văn bản đề nghị bù trừ gửi cơ quan Hải quan nơi phát sinh nghĩa vụ thuế để được xem xét giải quyết.
• Xử lý bù trừ liên đơn vị: Hướng dẫn phương án giải quyết đối với trường hợp doanh nghiệp có số thuế nợ tại một đơn vị hải quan này nhưng lại có số thuế được hoàn tại một đơn vị hải quan khác, đảm bảo tính thống nhất trong hệ thống hải quan toàn quốc.

Việc áp dụng cơ chế bù trừ tiền thuế nhập khẩu theo Công văn số 5323 TCHQ/KTTT mang lại nhiều hiệu quả tích cực cho cả cơ quan quản lý và đối tượng nộp thuế:

• Đối với doanh nghiệp: Giúp chủ động quay vòng vốn nhanh chóng, giảm bớt khó khăn về tài chính khi không phải nộp thêm tiền mặt cho các lô hàng mới trong khi vẫn đang chờ nhận tiền hoàn thuế từ cơ quan nhà nước.
• Đối với cơ quan Hải quan: Góp phần xử lý hiệu quả nợ đọng thuế, giảm thiểu thủ tục hành chính trong khâu hoàn thuế và thu thuế, đồng thời nâng cao tính chính xác trong công tác kế toán thuế hải quan.