Công văn số 516 TCT/DNK được Tổng cục Thuế ban hành ngày 02/03/2004 nhằm hướng dẫn các vướng mắc liên quan đến việc nộp thuế đối với các công trình xây dựng đã hoàn thành. Đây là văn bản hướng dẫn quan trọng giúp các doanh nghiệp xây dựng và cơ quan thuế địa phương thống nhất phương án kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với hoạt động xây dựng, lắp đặt.

• Thời điểm xác định doanh thu để tính thuế GTGT và thuế TNDN đối với hoạt động xây dựng, lắp đặt là thời điểm nghiệm thu, bàn giao công trình, hạng mục công trình, khối lượng xây dựng, lắp đặt hoàn thành, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền.
• Khi công trình xây dựng đã hoàn thành và bàn giao đưa vào sử dụng, đơn vị thi công có nghĩa vụ lập hóa đơn GTGT theo đúng quy định để làm căn cứ kê khai, nộp thuế.

• Đối với các công trình xây dựng, lắp đặt thực hiện tại địa phương nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính: Doanh nghiệp thực hiện kê khai và nộp thuế GTGT tập trung tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
• Đối với các công trình xây dựng ngoại tỉnh (vãng lai): Đơn vị thi công phải thực hiện kê khai và tạm nộp thuế GTGT tại địa phương nơi có công trình xây dựng theo tỷ lệ quy định trên giá trị công trình thanh toán. Số thuế GTGT đã nộp tại địa phương nơi xây dựng công trình sẽ được khấu trừ vào số thuế GTGT phải nộp tại trụ sở chính của doanh nghiệp.

• Doanh nghiệp xây dựng có trách nhiệm hạch toán đầy đủ doanh thu, chi phí của từng công trình để xác định thu nhập chịu thuế TNDN chung của toàn doanh nghiệp.
• Trường hợp thi công công trình ngoại tỉnh, doanh nghiệp thực hiện tạm nộp thuế TNDN tại địa phương nơi có công trình theo tỷ lệ trên doanh thu thiết kế, thi công xây dựng theo hướng dẫn của Bộ Tài chính, sau đó thực hiện quyết toán thuế TNDN tập trung tại trụ sở chính.

• Trường hợp công trình đã hoàn thành, bàn giao và đưa vào sử dụng nhưng đơn vị thi công chậm trễ trong việc lập hóa đơn, kê khai nộp thuế sẽ bị xử lý vi phạm hành chính về thuế và hóa đơn theo quy định pháp luật hiện hành tại thời điểm phát sinh hành vi.
• Cơ quan thuế địa phương nơi có công trình xây dựng có trách nhiệm đôn đốc, kiểm tra và yêu cầu nhà thầu thực hiện nghiêm túc nghĩa vụ thuế trước khi giải ngân hoặc quyết toán vốn công trình.