Công văn số 4549 TCT/NV5 được Tổng cục Thuế ban hành ngày 22/12/2003 nhằm giải quyết các vướng mắc và hướng dẫn chi tiết về chính sách hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các dự án đang trong giai đoạn đầu tư, xây dựng cơ bản. Đây là văn bản pháp lý quan trọng giúp các doanh nghiệp mới thành lập hoặc các doanh nghiệp đang hoạt động có dự án đầu tư mới nắm rõ quy trình, điều kiện để được hoàn lại nguồn vốn thuế GTGT đầu vào trong giai đoạn chưa phát sinh doanh thu.

- Đối tượng và điều kiện được áp dụng hoàn thuế GTGT xây dựng cơ bản

• Các cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đang trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản, chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh, chưa phát sinh thuế GTGT đầu ra nhưng đã thực hiện đăng ký thuế và được cấp mã số thuế.
• Các doanh nghiệp đang hoạt động có dự án đầu tư mở rộng, đầu tư chiều sâu hoặc xây dựng cơ sở sản xuất mới, có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ trực tiếp cho dự án đầu tư.
• Cơ sở kinh doanh phải thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật và đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ.
• Số thuế GTGT đầu vào lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng cho xây dựng cơ bản đạt đến hạn mức quy định tại thời điểm đó để được xét hoàn thuế theo định kỳ hoặc theo giai đoạn đầu tư.

- Nguyên tắc khấu trừ và hoàn thuế GTGT đầu vào

• Doanh nghiệp phải thực hiện hạch toán riêng biệt khoản thuế GTGT đầu vào phục vụ cho dự án đầu tư xây dựng cơ bản với thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh thông thường.
• Chỉ những hóa đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ hợp pháp, chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho việc hình thành tài sản cố định, xây dựng nhà xưởng, mua sắm máy móc thiết bị của dự án mới được tính vào diện xét hoàn thuế.
• Trường hợp dự án đầu tư kéo dài qua nhiều năm, doanh nghiệp tiến hành kê khai, khấu trừ định kỳ hàng tháng và thực hiện thủ tục đề nghị hoàn thuế theo tiến độ đầu tư hoặc khi kết thúc giai đoạn xây dựng cơ bản.

- Quy định về hồ sơ và thủ tục đề nghị hoàn thuế

• Doanh nghiệp cần chuẩn bị văn bản đề nghị hoàn thuế GTGT theo mẫu quy định, trong đó giải trình chi tiết số thuế GTGT đầu vào tích lũy trong quá trình xây dựng cơ bản.
• Bảng kê chi tiết các hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho dự án đầu tư xây dựng cơ bản.
• Các tài liệu pháp lý chứng minh tính hợp pháp của dự án bao gồm: Quyết định phê duyệt dự án đầu tư, Giấy phép xây dựng, các hợp đồng giao thầu xây dựng, biên bản nghiệm thu khối lượng công trình hoàn thành theo giai đoạn.
• Hồ sơ hoàn thuế được nộp trực tiếp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp để tiến hành thẩm định, kiểm tra và ra quyết định hoàn thuế theo đúng thẩm quyền.

- Trách nhiệm của người nộp thuế và cơ quan thuế

• Doanh nghiệp có trách nhiệm tự kê khai, tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của số liệu, tính hợp pháp của các hóa đơn, chứng từ đầu vào dùng cho dự án xây dựng cơ bản.
• Cơ quan thuế có trách nhiệm tiếp nhận, phân loại hồ sơ hoàn thuế và thực hiện công tác kiểm tra, đối chiếu chứng từ gốc tại trụ sở người nộp thuế khi cần thiết nhằm đảm bảo việc hoàn thuế đúng đối tượng, đúng chế độ và ngăn ngừa các hành vi gian lận thuế.