Công văn số 4444/TCT-NV6 được Tổng cục Thuế ban hành ngày 15/12/2003 nhằm hướng dẫn các biện pháp xử lý nghiệp vụ liên quan đến hóa đơn đầu vào, đặc biệt là trường hợp doanh nghiệp sử dụng hóa đơn của các đơn vị đã bỏ trốn hoặc ngừng hoạt động kinh doanh. Đây là văn bản quan trọng giúp tháo gỡ vướng mắc cho cả cơ quan thuế và người nộp thuế trong việc xác định tính hợp pháp của hóa đơn khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) và tính vào chi phí hợp lý khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN).

Tổng cục Thuế nhấn mạnh việc quản lý hóa đơn đầu vào phải tuân thủ nghiêm ngặt các quy định của pháp luật về thuế và kế toán. Doanh nghiệp khi mua hàng hóa, dịch vụ phải có hóa đơn, chứng từ hợp pháp. Đối với các trường hợp phát hiện hóa đơn đầu vào do các doanh nghiệp đã bỏ trốn địa điểm kinh doanh xuất, cơ quan thuế cần tiến hành thanh tra, kiểm tra kỹ lưỡng để phân loại và xử lý theo đúng bản chất của giao dịch kinh tế phát sinh.

Công văn đưa ra các hướng dẫn chi tiết nhằm phân biệt giữa giao dịch mua bán có thật và giao dịch mua bán khống (hóa đơn khống) để có biện pháp xử lý phù hợp:

• Trường hợp giao dịch mua bán là có thật: Nếu doanh nghiệp chứng minh được việc mua bán hàng hóa, dịch vụ là có thật, diễn ra trước thời điểm doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn; có đầy đủ hợp đồng mua bán, chứng từ thanh toán, phiếu nhập kho và hàng hóa đã được đưa vào sản xuất, kinh doanh thì cơ quan thuế xem xét chấp nhận khấu trừ thuế GTGT đầu vào và tính vào chi phí hợp lý khi tính thuế TNDN.
• Trường hợp giao dịch không có thật (mua bán hóa đơn): Nếu cơ quan thuế phát hiện doanh nghiệp chỉ mua hóa đơn để hợp thức hóa hàng hóa trôi nổi hoặc nâng khống chi phí mà không có giao dịch mua bán thực tế, hoặc hóa đơn được xuất sau thời điểm doanh nghiệp bán hàng đã bỏ trốn, thì toàn bộ số thuế GTGT ghi trên hóa đơn đó sẽ không được khấu trừ, đồng thời chi phí này không được chấp nhận là chi phí hợp lý khi quyết toán thuế.
• Xử lý vi phạm hành chính và hình sự: Đối với các hành vi cố tình sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, hóa đơn khống để trốn thuế, doanh nghiệp sẽ bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo quy định. Trường hợp có dấu hiệu tội phạm nghiêm trọng, cơ quan thuế sẽ chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra để truy cứu trách nhiệm hình sự.

Để đảm bảo tính thống nhất và công bằng trong việc thực thi pháp luật thuế, Tổng cục Thuế yêu cầu Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thực hiện các nhiệm vụ sau:

• Tăng cường công tác phối hợp, trao đổi thông tin giữa các cơ quan thuế địa phương để kịp thời cập nhật danh sách các doanh nghiệp bỏ trốn, mất tích hoặc ngừng hoạt động kinh doanh trên hệ thống dữ liệu chung.
• Thực hiện kiểm tra, đối chiếu chặt chẽ chứng từ thanh toán, nguồn gốc hàng hóa và các tài liệu liên quan của doanh nghiệp có hóa đơn đầu vào nghi vấn trước khi đưa ra quyết định xử lý thuế cuối cùng.
• Tuyên truyền, hướng dẫn người nộp thuế nâng cao ý thức tự bảo vệ quyền lợi bằng cách kiểm tra kỹ thông tin đối tác trước khi thực hiện giao dịch và yêu cầu xuất hóa đơn đúng quy định pháp luật.