Công văn số 3694/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành hướng dẫn về việc xuất bổ sung hóa đơn giá trị gia tăng (GTGT) để đơn vị mua hàng có đủ điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp tháo gỡ vướng mắc cho doanh nghiệp trong quá trình xử lý sai sót về hóa đơn và thực hiện nghĩa vụ thuế.

- Nguyên tắc xuất hóa đơn bổ sung, điều chỉnh

• Khi phát hiện hóa đơn đã lập có sai sót về thuế suất, tiền thuế hoặc các chỉ tiêu trên hóa đơn, người bán phải thực hiện lập hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế theo quy định pháp luật về hóa đơn, chứng từ hiện hành.
• Việc xuất hóa đơn bổ sung phải phản ánh đúng bản chất giao dịch kinh tế phát sinh, đảm bảo tính khớp đúng giữa doanh thu của bên bán và chi phí, thuế GTGT đầu vào của bên mua.
• Hóa đơn bổ sung, điều chỉnh phải ghi rõ điều chỉnh cho hóa đơn số nào, ký hiệu nào, ngày tháng năm nào và nội dung điều chỉnh cụ thể (tăng/giảm thuế suất, tiền thuế GTGT).

- Điều kiện để đơn vị mua hàng được khấu trừ thuế GTGT đối với hóa đơn bổ sung

• Đơn vị mua hàng phải có hóa đơn GTGT hợp pháp, bao gồm hóa đơn gốc đã lập trước đó và hóa đơn xuất bổ sung, điều chỉnh kèm theo.
• Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên. Trường hợp sau khi xuất hóa đơn bổ sung làm tổng giá trị thanh toán vượt ngưỡng 20 triệu đồng thì toàn bộ giao dịch phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
• Hàng hóa, dịch vụ mua vào phải được sử dụng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT theo quy định.
• Việc kê khai, khấu trừ thuế GTGT đối với hóa đơn điều chỉnh, bổ sung phải tuân thủ đúng quy trình kê khai bổ sơ hồ sơ khai thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế.

- Trách nhiệm của các bên liên quan trong việc xử lý hóa đơn

• Đối với bên bán: Có trách nhiệm lập hóa đơn điều chỉnh, bổ sung kịp thời khi phát hiện sai sót hoặc theo thỏa thuận điều chỉnh giá trị giao dịch. Thực hiện khai trình, nộp thuế GTGT bổ sung (nếu có) theo đúng quy định để tránh bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế.
• Đối với bên mua: Yêu cầu bên bán xuất hóa đơn bổ sung đúng quy định pháp luật. Thực hiện kê khai bổ sung thuế GTGT đầu vào dựa trên hóa đơn điều chỉnh hợp lệ để được khấu trừ thuế theo đúng thực tế giao dịch.

- Ý nghĩa pháp lý và lưu ý khi áp dụng

• Văn bản tạo cơ sở pháp lý rõ ràng để bảo vệ quyền lợi khấu trừ thuế chính đáng của doanh nghiệp mua hàng khi gặp sự cố về hóa đơn từ phía nhà cung cấp.
• Doanh nghiệp cần lưu ý đối chiếu kỹ lưỡng thông tin trên hóa đơn bổ sung với hợp đồng kinh tế, biên bản nghiệm thu hoặc biên bản điều chỉnh giá để đảm bảo tính giải trình cao trước cơ quan thuế khi thanh tra, kiểm tra.