Công văn số 3589/TCT-PCCS do Tổng cục Thuế ban hành nhằm hướng dẫn và làm rõ các quy định pháp luật liên quan đến việc áp dụng chính sách ưu đãi, miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với khoản thu nhập phát sinh từ hoạt động chuyển quyền sử dụng đất (chuyển nhượng bất động sản). Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp các doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương thực hiện thống nhất, đúng quy định pháp luật.

• Không áp dụng ưu đãi đối với chuyển nhượng bất động sản: Theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp hiện hành, thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư, hoặc chuyển quyền sử dụng đất không thuộc diện được hưởng các chính sách ưu đãi về thuế TNDN (bao gồm cả ưu đãi về thuế suất, miễn thuế và giảm thuế).
• Yêu cầu hạch toán riêng biệt: Doanh nghiệp có phát sinh hoạt động chuyển quyền sử dụng đất phải thực hiện hạch toán riêng khoản thu nhập này. Khoản thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản không được gộp chung vào thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh đang được hưởng ưu đãi thuế để tính miễn, giảm thuế.
• Nghĩa vụ kê khai và nộp thuế: Thu nhập từ chuyển quyền sử dụng đất phải được kê khai, nộp thuế theo mức thuế suất phổ thông quy định tại thời điểm phát sinh giao dịch. Trường hợp hoạt động chuyển nhượng bất động sản bị lỗ, doanh nghiệp được phép bù trừ số lỗ này với thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh khác trong kỳ tính thuế.

• Đối với doanh nghiệp đang hưởng ưu đãi đầu tư: Ngay cả khi doanh nghiệp đang trong thời gian được hưởng ưu đãi miễn thuế hoặc giảm thuế TNDN theo diện dự án đầu tư mới hoặc dự án đầu tư mở rộng, phần thu nhập từ việc chuyển nhượng quyền sử dụng đất, quyền thuê đất gắn liền với dự án đó vẫn phải nộp thuế TNDN theo thuế suất phổ thông và không được xét miễn, giảm.
• Xác định chi phí hợp lý khi tính thuế: Khi xác định thu nhập chịu thuế từ chuyển quyền sử dụng đất, doanh nghiệp được trừ các chi phí hợp lý liên quan trực tiếp như: giá vốn của đất chuyển nhượng, chi phí đền bù, giải phóng mặt bằng, chi phí cải tạo đất, các khoản lệ phí trước bạ và các chi phí chuyển nhượng khác có hóa đơn, chứng từ hợp pháp.

• Đảm bảo tính minh bạch tài chính: Hướng dẫn tại Công văn giúp ngăn chặn việc các doanh nghiệp lợi dụng chính sách ưu đãi đầu tư ở các địa bàn hoặc lĩnh vực khuyến khích để hợp thức hóa, giảm bớt nghĩa vụ thuế đối với các giao dịch chuyển nhượng bất động sản có giá trị lớn.
• Trách nhiệm của cơ quan thuế địa phương: Tổng cục Thuế yêu cầu Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra, rà soát kỹ lưỡng các hồ sơ khai thuế của doanh nghiệp có phát sinh hoạt động chuyển nhượng quyền sử dụng đất, đảm bảo thu đúng, thu đủ vào ngân sách nhà nước theo đúng quy định pháp luật.