Công văn số 3520/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành là một văn bản hướng dẫn quan trọng dành cho các doanh nghiệp và cơ quan thuế các cấp trong việc giải quyết các vướng mắc về thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) liên quan đến các hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ của các doanh nghiệp đã bỏ trốn (doanh nghiệp không còn hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký với cơ quan thuế).

Tổng cục Thuế đưa ra nguyên tắc phân loại rõ ràng dựa trên thời điểm phát sinh giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ so với thời điểm cơ quan thuế công bố thông tin doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn:

• Trường hợp giao dịch phát sinh trước ngày công bố: Các hóa đơn mua hàng phát sinh trước ngày cơ quan thuế thông báo doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn về mặt nguyên tắc vẫn được xem xét khấu trừ thuế GTGT đầu vào và tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN, nếu doanh nghiệp mua hàng chứng minh được giao dịch là có thật và đáp ứng đủ các điều kiện pháp lý.
• Trường hợp giao dịch phát sinh sau ngày công bố: Tất cả các hóa đơn phát sinh sau ngày cơ quan thuế thông báo doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn đều không có giá trị pháp lý. Doanh nghiệp mua hàng không được kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào và không được tính vào chi phí hợp lý khi xác định thuế TNDN.

Đối với các hóa đơn phát sinh trước ngày cơ quan thuế công bố doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn, doanh nghiệp mua hàng phải chủ động chứng minh tính trung thực của giao dịch bằng cách cung cấp đầy đủ hồ sơ, chứng từ chứng minh hàng hóa, dịch vụ đã thực tế phát sinh, bao gồm:

• Hợp đồng mua bán hàng hóa, dịch vụ kèm theo các phụ lục hợp đồng (nếu có) được ký kết hợp pháp giữa hai bên.
• Hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ đúng quy định pháp luật tại thời điểm lập hóa đơn.
• Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (như ủy nhiệm chi, chứng từ chuyển tiền qua ngân hàng) đối với các hóa đơn có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên.
• Phiếu nhập kho, phiếu xuất kho, biên bản giao nhận hàng hóa hoặc các chứng từ vận chuyển chứng minh hàng hóa đã được giao nhận thực tế.
• Hồ sơ, chứng từ chứng minh việc sử dụng hàng hóa, dịch vụ mua vào cho hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp mua hàng.

Cơ quan thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp mua hàng có trách nhiệm thực hiện các biện pháp nghiệp vụ để kiểm tra, xác minh tính xác thực của giao dịch:

• Kiểm tra tính đồng bộ và logic của hồ sơ: Đối chiếu các chứng từ thanh toán, hợp đồng, biên bản giao nhận để đảm bảo không có sự mâu thuẫn về mặt thời gian, số lượng và giá trị hàng hóa, dịch vụ.
• Xác minh thực tế dòng hàng và dòng tiền: Kiểm tra xem hàng hóa mua vào có thực sự tồn tại, có được đưa vào chuỗi sản xuất, kinh doanh hoặc đã bán ra cho bên thứ ba hay không; đồng thời kiểm tra dòng tiền thanh toán có đúng đối tượng hay không.
• Xử lý hành vi gian lận: Nếu qua kiểm tra phát hiện doanh nghiệp có hành vi sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, mua khống hóa đơn để hợp thức hóa chứng từ mà không có giao dịch mua bán thực tế, cơ quan thuế sẽ thực hiện truy thu thuế, xử phạt vi phạm hành chính về thuế. Trường hợp có dấu hiệu tội phạm sẽ chuyển hồ sơ sang cơ quan công an để điều tra, xử lý hình sự.

Để hạn chế rủi ro pháp lý và tài chính liên quan đến hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn, doanh nghiệp mua hàng cần lưu ý:

• Thường xuyên tra cứu, kiểm tra tình trạng hoạt động của các nhà cung cấp trên Cổng thông tin điện tử của ngành Thuế trước khi thực hiện giao dịch và nhận hóa đơn.
• Lưu trữ khoa học, đầy đủ và chặt chẽ toàn bộ chứng từ liên quan đến giao dịch mua bán, đặc biệt là chứng từ thanh toán qua ngân hàng để làm căn cứ giải trình khi có yêu cầu thanh tra, kiểm tra.
• Chủ động kê khai điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào và giảm chi phí được trừ đối với các hóa đơn không chứng minh được giao dịch thực tế để tránh phát sinh tiền phạt chậm nộp thuế lớn.