Tóm tắt Công văn số 3123/TCHQ-KTTT về việc hoàn thuế VAT đã nộp

Công văn số 3123/TCHQ-KTTT được ban hành ngày 2 tháng 7 năm 2003 bởi Tổng cục Hải quan thuộc Bộ Tài chính nhằm hướng dẫn chi tiết về việc xử lý và hoàn trả tiền thuế giá trị gia tăng (VAT) đã nộp đối với hàng hóa nhập khẩu. Đây là văn bản nghiệp vụ quan trọng giúp tháo gỡ các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp, đồng thời thống nhất quy trình xử lý trong toàn ngành Hải quan.

- Các trường hợp được giải quyết hoàn thuế VAT đã nộp

• Hàng hóa nhập khẩu nhưng thực tế không nhập khẩu hoặc thực tế nhập khẩu ít hơn so với khai báo trên tờ khai hải quan, doanh nghiệp đã nộp thuế VAT tương ứng với số lượng chênh lệch thừa.
• Hàng hóa nhập khẩu đã nộp thuế VAT khâu nhập khẩu nhưng sau đó phải tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất sang nước thứ ba theo quy định pháp luật.
• Các trường hợp doanh nghiệp nộp nhầm, nộp thừa thuế VAT do sai sót trong khâu kê khai, tính thuế hoặc áp sai mã số hàng hóa khi làm thủ tục thông quan.
• Hàng hóa thuộc đối tượng được miễn thuế hoặc giảm thuế VAT theo các quy định ưu đãi hiện hành nhưng doanh nghiệp đã thực hiện nộp thuế trước đó.

- Thành phần hồ sơ đề nghị hoàn trả thuế VAT khâu nhập khẩu

• Công văn đề nghị hoàn thuế của doanh nghiệp, trong đó phải giải trình rõ lý do đề nghị hoàn trả, số tiền thuế đã nộp, số tiền đề nghị hoàn và phương thức xử lý mong muốn (hoàn trả trực tiếp hoặc bù trừ nghĩa vụ thuế).
• Tờ khai hải quan hàng hóa nhập khẩu liên quan (bản chính hoặc bản sao hợp lệ theo quy định).
• Chứng từ nộp thuế VAT vào ngân sách nhà nước, bao gồm giấy nộp tiền bằng tiền mặt hoặc chứng từ chuyển khoản qua ngân hàng có xác nhận của kho bạc nhà nước.
• Các tài liệu, chứng từ chứng minh lý do hoàn thuế như: hợp đồng xuất trả hàng, tờ khai hải quan xuất khẩu (đối với trường hợp tái xuất), biên bản giám định số lượng thực tế của cơ quan chức năng (đối với trường hợp thiếu hàng).

- Quy trình tiếp nhận và xử lý hồ sơ hoàn thuế của cơ quan Hải quan

• Tiếp nhận hồ sơ: Cơ quan Hải quan nơi doanh nghiệp đăng ký tờ khai nhập khẩu có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra tính đầy đủ, hợp lệ và tính pháp lý của các giấy tờ trong hồ sơ do doanh nghiệp nộp.
• Kiểm tra và đối chiếu dữ liệu: Công chức hải quan tiến hành đối chiếu thông tin trên hồ sơ với hệ thống dữ liệu kế toán thuế, dữ liệu thông quan để xác định chính xác số tiền thuế thực nộp và số tiền thừa đủ điều kiện hoàn trả.
• Ra quyết định xử lý: Trường hợp hồ sơ hợp lệ, cơ quan Hải quan ban hành quyết định hoàn thuế VAT hoặc thực hiện thủ tục bù trừ thuế cho doanh nghiệp. Trường hợp hồ sơ không đủ điều kiện, cơ quan Hải quan phải trả lời bằng văn bản và nêu rõ lý do từ chối cho doanh nghiệp được biết.

- Nguyên tắc xử lý tiền thuế VAT sau khi có quyết định hoàn

• Ưu tiên thực hiện bù trừ số tiền thuế VAT được hoàn vào số thuế phải nộp của các lô hàng nhập khẩu tiếp theo của chính doanh nghiệp đó để đơn giản hóa thủ tục hành chính.
• Trường hợp doanh nghiệp không có lô hàng nhập khẩu tiếp theo hoặc có yêu cầu hoàn trả trực tiếp, cơ quan Hải quan phối hợp với Kho bạc Nhà nước để thực hiện hoàn trả tiền thuế từ ngân sách nhà nước theo đúng quy định pháp luật.
• Quá trình xử lý phải đảm bảo tính minh bạch, nhanh chóng nhằm hỗ trợ tối đa cho hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp, tránh gây đọng vốn kéo dài cho người nộp thuế.