Công văn số 2689/TCT-DNNN do Tổng cục Thuế ban hành nhằm mục đích hướng dẫn, chấn chỉnh và tăng cường công tác quản lý thuế, đặc biệt là việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa xuất khẩu. Văn bản này đóng vai trò quan trọng trong việc định hướng cho các cơ quan thuế địa phương thực hiện đúng quy trình, đảm bảo quyền lợi hợp pháp cho các doanh nghiệp xuất khẩu chân chính, đồng thời ngăn chặn kịp thời các hành vi gian lận, trục lợi tiền hoàn thuế từ ngân sách nhà nước.

Để đảm bảo tính hợp pháp và đủ điều kiện được hoàn thuế GTGT cho hàng hóa xuất khẩu, doanh nghiệp cần phải đáp ứng đầy đủ các tiêu chuẩn nghiêm ngặt sau:

• Hợp đồng xuất khẩu hợp pháp: Doanh nghiệp phải xuất trình được hợp đồng bán, gia công hàng hóa xuất khẩu hoặc hợp đồng cung ứng dịch vụ ký kết với tổ chức, cá nhân nước ngoài theo đúng quy định của Luật Thương mại và các văn bản hướng dẫn liên quan.
• Tờ khai hải quan hoàn thành thủ tục: Hàng hóa xuất khẩu phải có tờ khai hải quan đã hoàn thành thủ tục hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan. Tờ khai này là minh chứng xác thực cho việc hàng hóa đã thực tế được đưa ra khỏi lãnh thổ Việt Nam.
• Chứng từ thanh toán qua ngân hàng: Doanh nghiệp bắt buộc phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa xuất khẩu. Tiền thanh toán phải được chuyển từ tài khoản của bên mua nước ngoài sang tài khoản của bên bán mở tại ngân hàng hoạt động tại Việt Nam theo đúng quy định của Ngân hàng Nhà nước.
• Hóa đơn thương mại hợp lệ: Phải có hóa đơn GTGT hoặc hóa đơn xuất khẩu hợp pháp, ghi nhận đúng doanh thu và áp dụng mức thuế suất thuế GTGT đối với hàng xuất khẩu (thường là thuế suất 0%).

Nhằm nâng cao hiệu quả phòng chống gian lận hoàn thuế, Công văn 2689/TCT-DNNN chỉ đạo các cơ quan thuế tập trung vào công tác phân loại và xác minh hồ sơ:

• Phân loại hồ sơ hoàn thuế: Cơ quan thuế thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế thành hai nhóm rõ rệt là "Hoàn thuế trước, kiểm tra sau" và "Kiểm tra trước, hoàn thuế sau" dựa trên kết quả đánh giá mức độ rủi ro của người nộp thuế. Đối với các doanh nghiệp có rủi ro cao hoặc có dấu hiệu bất thường, việc kiểm tra trước khi hoàn thuế là bắt buộc.
• Xác minh nguồn gốc hàng hóa đầu vào: Đối với các mặt hàng xuất khẩu có rủi ro cao về thuế như nông sản, lâm sản, thủy hải sản, linh kiện điện tử, cơ quan thuế sẽ tiến hành xác minh nguồn gốc hàng hóa qua các khâu trung gian mua bán trong nội địa. Việc này nhằm đảm bảo các hóa đơn đầu vào là hoàn toàn hợp pháp và có giao dịch mua bán thực tế.
• Đối chiếu chứng từ thanh toán quốc tế: Thực hiện kiểm tra, đối chiếu chặt chẽ dòng tiền thanh toán qua ngân hàng để phát hiện và ngăn chặn các trường hợp quay vòng dòng tiền, thanh toán khống hoặc sử dụng tài khoản giả mạo để hợp thức hóa hồ sơ hoàn thuế.

Văn bản đưa ra các biện pháp xử lý nghiêm khắc đối với các hành vi vi phạm pháp luật về thuế và hóa đơn:

• Tạm dừng giải quyết hoàn thuế: Trong quá trình kiểm tra, nếu phát hiện hồ sơ có dấu hiệu nghi ngờ hoặc đang trong quá trình xác minh của các cơ quan chức năng, cơ quan thuế có quyền tạm dừng giải quyết hoàn thuế đối với phần doanh thu chưa được làm rõ để bảo vệ ngân sách nhà nước.
• Chuyển hồ sơ sang cơ quan công an: Đối với các trường hợp có dấu hiệu tội phạm rõ ràng như sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, lập hồ sơ khống để trục lợi tiền hoàn thuế, cơ quan thuế sẽ chủ động chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra để truy cứu trách nhiệm hình sự theo quy định của pháp luật.
• Tăng cường phối hợp liên ngành: Đẩy mạnh sự phối hợp chặt chẽ giữa cơ quan Thuế, cơ quan Hải quan, Ngân hàng Nhà nước và các cơ quan quản lý nhà nước khác nhằm kiểm soát toàn diện hoạt động xuất khẩu, luân chuyển hàng hóa và thanh toán quốc tế, tạo môi trường kinh doanh lành mạnh và bình đẳng cho các doanh nghiệp.