Công văn số 2658/TCT-PCCS do Tổng cục Thuế ban hành nhằm hướng dẫn chi tiết về chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp các doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương thống nhất phương thức áp dụng các điều kiện, mức ưu đãi và thời gian miễn, giảm thuế TNDN đối với các dự án đầu tư mới cũng như dự án đầu tư mở rộng.

- Nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

Theo nội dung hướng dẫn, việc áp dụng ưu đãi thuế TNDN phải tuân thủ các nguyên tắc cốt lõi sau:

• Doanh nghiệp phải thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo đúng quy định của pháp luật và thực hiện nộp thuế theo phương pháp kê khai.
• Trong cùng một thời điểm, nếu doanh nghiệp có khoản thu nhập được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi có lợi nhất cho mình.
• Ưu đãi thuế TNDN chỉ áp dụng đối với doanh nghiệp thực hiện nghiêm túc nghĩa vụ thuế và có sự phân bổ, hạch toán riêng biệt phần thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh được hưởng ưu đãi so với hoạt động không được hưởng ưu đãi.

- Điều kiện xác định dự án được hưởng ưu đãi thuế

Văn bản làm rõ các tiêu chí để xác định một dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế TNDN, bao gồm:

• Địa bàn ưu đãi: Dự án đầu tư phải được thực hiện tại các địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn hoặc khó khăn, khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp hiện hành.
• Lĩnh vực ưu đãi: Áp dụng đối với các dự án thuộc lĩnh vực công nghệ cao, bảo vệ môi trường, đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng đặc biệt quan trọng, hoặc sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ ưu tiên phát triển.
• Quy mô vốn và lao động: Một số dự án có quy mô vốn đầu tư lớn hoặc sử dụng nhiều lao động cũng được xem xét áp dụng ưu đãi theo các tiêu chí định lượng cụ thể được quy định trong luật định.

- Chính sách ưu đãi đối với dự án đầu tư mở rộng

Đối với các doanh nghiệp đang hoạt động có thực hiện dự án đầu tư mở rộng, hướng dẫn cụ thể như sau:

• Doanh nghiệp có dự án đầu tư mở rộng thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn ưu đãi thuế TNDN được lựa chọn hưởng ưu đãi theo dự án đang hoạt động cho thời gian còn lại (nếu có) hoặc được áp dụng thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mở rộng mang lại.
• Phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mở rộng phải được hạch toán riêng. Trường hợp doanh nghiệp không hạch toán riêng được thì phần thu nhập tăng thêm được xác định theo tỷ lệ giữa nguyên giá tài sản cố định đầu tư mới đưa vào sử dụng so với tổng nguyên giá tài sản cố định của doanh nghiệp.

- Hướng dẫn về quản lý thuế và thủ tục thực hiện

Nhằm đảm bảo tính minh bạch và tuân thủ pháp luật, cơ quan quản lý thuế yêu cầu:

• Doanh nghiệp tự xác định các điều kiện ưu đãi thuế, mức thuế suất ưu đãi, thời hạn miễn thuế, giảm thuế và số lỗ được trừ vào thu nhập tính thuế để tự kê khai và tự quyết toán thuế với cơ quan thuế trực tiếp quản lý.
• Cơ quan thuế các cấp có trách nhiệm thanh tra, kiểm tra việc thực hiện ưu đãi thuế TNDN của doanh nghiệp để đảm bảo áp dụng đúng đối tượng, đúng điều kiện và xử lý nghiêm các trường hợp kê khai sai lệch nhằm trục lợi chính sách ưu đãi của Nhà nước.