Ngày 26/5/2005, Tổng cục Thuế đã có Công văn số 1574 TCT/PCCS về việc ưu đãi thuế TNDN. Qua công tác kiểm tra văn bản, Tổng cục Thuế phát hiện nội dung hướng dẫn tại Công văn số 1574TCT/PCCS nêu trên chưa phù hợp với quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật, nay Tổng cục Thuế hướng dẫn lại như sau:

Tại Khoản 2, Điều 48, Nghị định số 24/2000/NĐ-CP ngày 31/7/2000 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Đầu tư nước ngoài tại Việt Nam được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 27/2003/NĐ-CP ngày 19/3/2003 của Chính phủ quy định như sau: “Doanh nghiệp sản xuất trong Khu công nghiệp có tỷ lệ xuất khẩu sản phẩm dưới 50% và không đáp ứng các Điều kiện nêu tại Điểm a, b và đ Khoản 2 Điều 46, được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 02 năm, kể từ khi kinh doanh có lãi”.

Tại Điểm 4, Mục I, Phần thứ hai, Thông tư số 13/2001/TT-BTC ngày 08/03/2001 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện quy định về thuế đối với các hình thức đầu tư theo Luật đầu tư nước ngoài tại Việt Nam hướng dẫn như sau: “Trong quá trình hoạt động nếu doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài hoặc bên nước ngoài hợp doanh không đạt các tiêu chuẩn để được hưởng ưu đãi về thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp và miễn giảm thuế thu nhập doanh nghiệp quy định tại Điều 46 và Điều 48 Nghị định số 24/2000/NĐ-CP ngày 31/7/2000 của Chính phủ thì doanh nghiệp không được hưởng ưu đãi. Cơ quan thuế trực tiếp quản lý thu thuế đối với doanh nghiệp căn cứ vào các Điều kiện để được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp mà doanh nghiệp thực tế đạt được hàng năm để xác định mức thuế suất thu nhập doanh nghiệp ưu đãi và thực hiện quyết toán thu nhập doanh nghiệp theo mức thuế suất đó, đồng thời báo cáo với Bộ Tài chính và cơ quan cấp GPĐT biết”.

Tại Điểm 2.1, Mục IV, Phần E, Thông tư số 128/2003/TT-BTC ngày 22/12/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế thu thuế doanh nghiệp hướng dẫn như sau: “Cơ quan thuế khi kiểm tra, thanh tra đối với cơ sở kinh doanh phải kiểm tra các Điều kiện hưởng ưu đãi thuế, số thuế cơ sở kinh doanh được miễn thuế, giảm thuế, số lỗ cơ sở kinh doanh được trừ vào thu nhập chịu thuế theo đúng Điều kiện thực tế mà cơ sở kinh doanh đáp ứng được.”

Căn cứ các quy định và hướng dẫn nêu trên thì trường hợp của Công ty TNHH Clipsal Việt Nam do Công ty không thực hiện đúng các quy định đã cam kết theo Giấy phép đầu tư đã cấp (không đạt tỷ lệ xuất khẩu sản phẩm) nên Công ty không được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức ghi trên Giấy phép đầu tư mà chỉ được hưởng mức ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp theo Điều kiện thực tế mà Công ty đáp ứng so với quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực tại thời Điểm tương ứng.

Cụ thể, theo báo cáo của Công ty thì năm 2001 là năm đầu tiêu Công ty bắt đầu kinh doanh có lãi. Tuy nhiên, do Công ty không đáp ứng Điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu sản phẩm mà chỉ đáp ứng Điều kiện là sản xuất tại khu công nghiệp nên Công ty chỉ được hưởng thời gian miễn thuế thu nhập doanh nghiệp là 02 năm kể từ khi kinh doanh bắt đầu có lãi, không được hưởng thời gian giảm thuế.

Do đó, tính đến ngày 01/01/2004, Công ty đã được miễn thuế TNDN hai năm (2002 và 2003) nên theo quy định tại Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003 của Chính phủ, Thông tư số 128/2003/TT-BTC ngày 22/12/2003 của Bộ Tài chính được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 88/2004/TT-BTC ngày 01/9/2004 của Bộ Tài chính và hướng dẫn tại ví dụ 4, Điểm 5.4.2, Công văn số 11684/BTC-TCT ngày 16/9/2005 của Bộ Tài chính thì Công ty không còn thời gian ưu đãi còn lại để được hưởng ưu đãi tăng thêm theo quy định tại Nghị định số 164/2003/NĐ-CP và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Công văn này bãi bỏ Công văn số 1574TCT/PCCS ngày 26/5/2005 của Tổng cục Thuế.

Tổng cục Thuế thông báo để Công ty TNHH Clipsal Việt Nam và Cục Thuế tỉnh Đồng Nai biết và xác định nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp của Công ty theo đúng quy định của pháp luật và hướng dẫn tại Công văn này.