Trả lời công văn số 18 HL.CV ngày 21/2/2003 của Công ty TNHH thương mại Hoàng Lê về việc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với phân bón thuốc bảo vệ thực vật nhập khẩu; Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Theo hướng dẫn tại công văn số 1188 TC/TCT ngày 4/2/2002 của Bộ Tài chính về việc hoàn thuế GTGT đối với phân bón, thuốc bảo vệ thực vật nhập khẩu thì: Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế có nhập khẩu phân bón, thuốc bảo vệ thực vật (kể cả trường hợp ủy thác nhập khẩu), trong tháng đã nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu đối với mặt hàng này, nếu hàng hoá bán ra chậm, tồn kho lớn, cơ sở phát sinh số thuế GTGT đầu vào lớn hơn số thuế GTGT đầu ra thì cơ sở kinh doanh nhập khẩu được xét hoàn thuế GTGT theo tháng nhập khẩu phân bón, thuốc bảo vệ thực vật, đồng thời nhập khẩu và kinh doanh các mặt hàng khác, thì cơ sở kinh doanh được kê khai bù trừ giữa số thuế GTGT đầu ra  với số thuế GTGT đầu vào của các loại hàng hoá. Nếu trong tháng đã nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu của mặt hàng phân bón, thuốc bảo vệ thực vật và có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ lớn hơn 200 triệu đồng thì được xét hoàn thuế GTGT theo tháng.

Trường hợp trong tháng 1/2003 Công ty TNHH thương mại Hoàng Lê có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ theo nội dung hướng dẫn nêu trên thì được xét hoàn thuế GTGT theo tháng.

Trong Thông tư số 82/2002/TT-BTC ngày 18/9/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn sửa đổi, bổ sung một số nội dung của Thông tư số 122/2000/TT-BTC không bãi bỏ nội dung hướng dẫn tại công văn số 1188 TC/TCT nêu trên. Vì vậy, việc hoàn thuế GTGT đối với cơ sở nhập khẩu phân bón, thuốc bảo vệ thực vật vẫn được thực hiện theo nội dung công văn số số 1188 TC/TCT.

Tổng cục Thuế trả lời đề Cục thuế TP. Hồ Chí Minh biết và hướng dẫn Công ty thực hiện; trong quá trình thực hiện nếu có vướng mắc thì Cục thuế có ý kiến bằng văn bản gửi về Tổng cục Thuế xem xét, giải quyết./.