Công văn 890/TCT-CS năm 2019 do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng về việc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các trường hợp chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, chuyển đổi sở hữu, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản hoặc chấm dứt hoạt động. Dưới đây là tóm tắt chi tiết các nội dung cốt lõi và hướng dẫn thực thi theo quy định pháp luật thuế hiện hành.

Nguyên tắc hoàn thuế GTGT khi chuyển đổi doanh nghiệp

• Đối tượng áp dụng: Các cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế khi thực hiện chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế GTGT nộp thừa hoặc số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết.
• Quyền lợi hoàn thuế: Doanh nghiệp thuộc các trường hợp nêu trên được xem xét hoàn thuế GTGT theo quy định của pháp luật về thuế GTGT và pháp luật về quản lý thuế hiện hành.
• Điều kiện khấu trừ chuyển tiếp: Trường hợp doanh nghiệp chuyển đổi không thuộc diện được hoàn thuế GTGT hoặc không đề nghị hoàn thuế thì số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết sẽ được chuyển giao sang doanh nghiệp mới (pháp nhân mới nhận chuyển giao) để tiếp tục khấu trừ, với điều kiện phải thực hiện đầy đủ thủ tục bàn giao nghĩa vụ và quyền lợi thuế theo đúng quy định.

Thủ tục và hồ sơ hoàn thuế GTGT đối với doanh nghiệp chuyển đổi

• Hồ sơ đề nghị hoàn thuế: Doanh nghiệp cần chuẩn bị Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước (theo mẫu quy định), các quyết định về việc chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, cùng các tài liệu, chứng từ liên quan chứng minh số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết.
• Công tác thanh tra, kiểm tra trước khi hoàn thuế: Cơ quan thuế thực hiện nguyên tắc kiểm tra trước, hoàn thuế sau đối với các trường hợp giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động hoặc chuyển đổi sở hữu nhằm đảm bảo tính chính xác, hợp pháp của số thuế đề nghị hoàn.
• Trách nhiệm của người nộp thuế: Doanh nghiệp phải tự kê khai, tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của số liệu báo cáo, hóa đơn chứng từ đầu vào dùng để đề nghị hoàn thuế GTGT.

Phương án xử lý số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết

• Trường hợp hoàn thuế trực tiếp: Áp dụng khi doanh nghiệp hoàn thành các thủ tục chấm dứt tư cách pháp nhân cũ và có số thuế GTGT đầu vào lũy kế chưa được khấu trừ hết đáp ứng đủ điều kiện hoàn thuế theo quy định của Luật Thuế giá trị gia tăng.
• Trường hợp chuyển giao nghĩa vụ thuế: Đối với các hình thức chuyển đổi loại hình doanh nghiệp mà pháp nhân mới kế thừa toàn bộ quyền và nghĩa vụ của pháp nhân cũ, số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết sẽ được kê khai chuyển tiếp sang kỳ thuế của doanh nghiệp mới để tiếp tục khấu trừ, không thực hiện hoàn thuế tại thời điểm chuyển đổi nếu doanh nghiệp lựa chọn phương án này.