Trả lời văn bản số 02/2014/CVT/P.KT ngày 29/12/2014 của Công ty về chính sách thuế, Cục Thuế TP có ý kiến như sau:

Căn cứ Khoản 1c Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật quản lý thuế:

“Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị trực thuộc; nếu đơn vị trực thuộc không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính của người nộp thuế”.

Căn cứ Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng (GTGT);

Căn cứ Khoản 2.6 Phụ lục số 4 ban hành kèm theo Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/03/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn về hoá đơn bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ quy định lập hoá đơn trong một số trường hợp:

“Tổ chức kinh doanh kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ xuất điều chuyển hàng hóa cho các cơ sở hạch toán phụ thuộc như các chi nhánh, cửa hàng ở khác địa phương (tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương) để bán hoặc xuất điều chuyển giữa các chi nhánh, đơn vị phụ thuộc với nhau; xuất hàng hóa cho cơ sở nhận làm đại lý bán đúng giá, hưởng hoa hồng, căn cứ vào phương thức tổ chức kinh doanh và hạch toán kế toán, cơ sở có thể lựa chọn một trong hai cách sử dụng hóa đơn, chứng từ như sau:

a) Sử dụng hóa đơn GTGT để làm căn cứ thanh toán và kê khai nộp thuế GTGT ở từng đơn vị và từng khâu độc lập với nhau;

b) Sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ kèm theo Lệnh điều động nội bộ; Sử dụng Phiếu xuất kho hàng gửi bán đại lý theo quy định đối với hàng hóa xuất cho cơ sở làm đại lý kèm theo Lệnh điều động nội bộ.

Cơ sở hạch toán phụ thuộc, chi nhánh, cửa hàng, cơ sở nhận làm đại lý bán hàng khi bán hàng phải lập hóa đơn theo quy định giao cho người mua, đồng thời lập Bảng kê hàng hóa bán ra gửi về cơ sở có hàng hóa điều chuyển hoặc cơ sở có hàng hóa gửi bán (gọi chung là cơ sở giao hàng) để cơ sở giao hàng lập hóa đơn GTGT cho hàng hóa thực tế tiêu thụ giao cho cơ sở hạch toán phụ thuộc, chi nhánh, cửa hàng, cơ sở nhận làm đại lý bán hàng.

Trường hợp cơ sở có số lượng và doanh số hàng hóa bán ra lớn, Bảng kê có thể lập cho 05 ngày hay 10 ngày một lần. Trường hợp hàng hóa bán ra có thuế suất thuế GTGT khác nhau phải lập bảng kê riêng cho hàng hóa bán ra theo từng nhóm thuế suất.

Cơ sở hạch toán phụ thuộc, chi nhánh, cửa hàng, cơ sở nhận làm đại lý bán hàng thực hiện kê khai nộp thuế GTGT đối với số hàng xuất bán cho người mua và được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hóa đơn GTGT của cơ sở giao hàng xuất cho.

Trường hợp các đơn vị trực thuộc của cơ sở kinh doanh nông, lâm, thủy sản đã đăng ký, thực hiện kê khai nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, có thu mua hàng hóa là nông, lâm, thủy sản để điều chuyển, xuất bán về trụ sở chính của cơ sở kinh doanh thì khi điều chuyển, xuất bán, đơn vị trực thuộc sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ, không sử dụng hóa đơn GTGT”.

Trường hợp của Công ty theo trình bày, có thành lập Chi nhánh tại tỉnh Nghệ An hạch toán phụ thuộc trực tiếp bán hàng phát sinh doanh thu thì Chi nhánh phải trực tiếp kê khai nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ cho cơ quan thuế tỉnh Nghệ An. Số thuế GTGT nộp theo phương pháp khấu trừ thực hiện theo hướng dẫn tại Khoản 5 Điều 12 Thông tư 219/2013/TT-BTC, hoá đơn chứng từ điều chuyển hàng hoá giữa Công ty và Chi nhánh thực hiện theo hướng dẫn tại Khoản 2.6 Phụ lục số 4 ban hành kèm theo Thông tư 39/2014/TT-BTC.

Trường hợp Chi Cục Thuế TP Vinh tỉnh Nghệ An có công văn số 3380/CCT-Ktr2 ngày 15/12/2014 (bản sao đính kèm) yêu cầu Chi nhánh thực hiện nộp thuế GTGT vãng lai ngoại tỉnh theo thuế suất 2% trên doanh thu bán hàng hoặc nếu nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thì số thuế phải nộp tối thiểu từ 2% trên doanh thu bán hàng trở lên là không phù hợp với văn bản pháp luật về thuế GTGT và pháp luật quản lý thuế hiện hành. Do đó đối với số thuế GTGT Chi nhánh đã nộp tại Nghệ An (bao gồm số thuế GTGT đã nộp vãng lai 2%) Công ty không được cấn trừ vào số thuế GTGT phải nộp tại TP Hồ Chí Minh.

Cục Thuế TP thông báo Công ty biết để thực hiện theo đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật đã được trích dẫn tại văn bản này.