Công văn 7093/CT-TTHT do Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh ban hành nhằm hướng dẫn các cơ sở y tế, phòng khám và doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực y tế thực hiện đúng các quy định về thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Văn bản này đóng vai trò quan trọng trong việc làm rõ các chính sách ưu đãi thuế đối với hoạt động xã hội hóa y tế và dịch vụ khám chữa bệnh.

Đối với thuế GTGT, chính sách thuế áp dụng cho các hoạt động y tế được quy định cụ thể như sau:

• Đối tượng không chịu thuế GTGT: Dịch vụ y tế, dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh, phòng bệnh cho người và vật nuôi, dịch vụ chăm sóc người cao tuổi, người khuyết tật thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Quy định này áp dụng thống nhất cho cả cơ sở y tế công lập và tư nhân.
• Phạm vi dịch vụ không chịu thuế: Bao gồm các hoạt động khám bệnh, chữa bệnh, chiếu chụp, xét nghiệm, siêu âm, nội soi, dịch vụ sinh đẻ có kế hoạch, điều dưỡng, phục hồi chức năng cho người bệnh và các dịch vụ y tế dự phòng khác theo quy định của Bộ Y tế.
• Quy định về hóa đơn: Khi lập hóa đơn cho các dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, cơ sở y tế ghi rõ giá thanh toán là giá không có thuế GTGT, dòng thuế suất và tiền thuế GTGT không ghi và gạch chéo.

Về thuế TNDN, văn bản hướng dẫn chi tiết các điều kiện và mức ưu đãi đối với các cơ sở thực hiện xã hội hóa trong lĩnh vực y tế:

• Điều kiện áp dụng ưu đãi: Cơ sở y tế ngoài công lập phải đáp ứng các tiêu chí về quy mô, tiêu chuẩn theo danh mục loại hình, tiêu chí quy mô, tiêu chuẩn của các cơ sở thực hiện xã hội hóa do Thủ tướng Chính phủ ban hành (quy định tại Quyết định 1466/QĐ-TTg và Quyết định 693/QĐ-TTg).
• Thuế suất ưu đãi: Doanh nghiệp có thu nhập từ hoạt động xã hội hóa trong lĩnh vực y tế được áp dụng thuế suất thuế TNDN ưu đãi 10% trong suốt thời gian hoạt động đối với phần thu nhập này.
• Ưu đãi miễn, giảm thuế: Tùy thuộc vào địa bàn thực hiện dự án đầu tư, doanh nghiệp có thể được hưởng ưu đãi miễn thuế TNDN tối đa không quá 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp tối đa không quá 9 năm tiếp theo kể từ khi có thu nhập chịu thuế.
• Nguyên tắc hạch toán: Doanh nghiệp phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động xã hội hóa y tế để áp dụng ưu đãi thuế TNDN. Trường hợp không hạch toán riêng được, phần thu nhập ưu đãi được xác định theo tỷ lệ doanh thu của hoạt động xã hội hóa trên tổng doanh thu của doanh nghiệp.

Các cơ sở y tế cần phân biệt rõ hoạt động khám chữa bệnh chuyên môn và các hoạt động kinh doanh thương mại đi kèm để thực hiện nghĩa vụ thuế đúng quy định:

• Hoạt động bán thuốc: Thuốc chữa bệnh thuộc đối tượng chịu thuế GTGT với thuế suất 5%. Do đó, hoạt động bán thuốc của nhà thuốc bệnh viện hoặc phòng khám phải kê khai, nộp thuế GTGT và thuế TNDN theo quy định thông thường, không được áp dụng chính sách không chịu thuế GTGT như dịch vụ khám chữa bệnh.
• Các dịch vụ phụ trợ khác: Các hoạt động như kinh doanh căn tin, trông giữ xe, cho thuê mặt bằng tại cơ sở y tế không thuộc diện ưu đãi thuế xã hội hóa y tế và phải nộp thuế GTGT, thuế TNDN theo các mức thuế suất phổ thông hiện hành.