Trả lời các công văn số 2042/HQĐNa-TXNK ngày 07/11/2023 của Cục Hải quan tỉnh Đồng Nai, số 3221/HQNA-NV ngày 07/12/2023 của Cục Hải quan tỉnh Nghệ An, số 3364/HQAG-TCTTr ngày 01/12/2023 của Cục Hải quan tỉnh An Giang báo cáo vướng mắc về việc kiểm tra sau hoàn thuế, Tổng cục Hải quan có ý kiến như sau:

1. Về thời hạn kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước

Căn cứ khoản 3 Điều 60 Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 được sửa đổi bổ sung tại khoản 18 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế số 21/2012/QH13 quy định: “Thời hạn kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ hoàn thuế trước, kiểm tra sau được quy định như sau:

…

b) Đối với trường hợp không thuộc quy định tại điểm a khoản này, việc kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn mười năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế”.

Căn cứ Điều 77 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định: “1. Cơ quan quản lý thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.

2. Thủ tục, thẩm quyền, trách nhiệm thanh tra, kiểm tra của cơ quan quản lý thuế đối với hồ sơ hoàn thuế được thực hiện theo quy định của Luật này và Luật Thanh tra”.

Căn cứ khoản 1 Điều 156 Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật số 80/2015/QH13 quy định: “Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng từ thời điểm bắt đầu có hiệu lực. Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng đối với hành vi xảy ra tại thời điểm mà văn bản đó đang có hiệu lực. Trong trường hợp quy định của văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực trở về trước thì áp dụng theo quy định đó”.

Căn cứ quy định nêu trên, tại điểm 1 công văn số 909/TCHQ-TXNK ngày 03/3/2023 của Tổng cục Hải quan đã hướng dẫn về thời hạn kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước:

Việc kiểm tra sau hoàn thuế đối với các hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước được thực hiện trên nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn 10 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế đối với các quyết định hoàn thuế ban hành tại thời điểm Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 có hiệu lực và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế đối với các quyết định hoàn thuế ban hành tại thời điểm Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 có hiệu lực.

Đề nghị các đơn vị thực hiện theo đúng các quy định và hướng dẫn nêu trên của Tổng cục Hải quan.

2. Về quy trình kiểm tra sau hoàn thuế

Theo Điều 24 quy trình hoàn thuế ban hành kèm theo Quyết định số 1919/QĐ-TCHQ ngày 28/6/2018 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan hướng dẫn: “...b) Việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế sau khi hoàn thuế, không thu thuế (thực hiện theo trình tự kiểm tra sau thông quan) quy định tại khoản 63 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC sửa đổi bổ sung Điều 129 Thông tư 38/2015/TT-BTC. Nội dung kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế thực hiện theo quy định tại điểm e khoản 1 Điều 21 Quy trình này và các văn bản hướng dẫn có liên quan (nếu có).

2. Chi cục Hải quan đã ban hành quyết định hoàn thuế (đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau) hàng tháng lập danh mục các hồ sơ đã hoàn thuế theo 02 loại: Hồ sơ cần kiểm tra trong thời hạn 01 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế/không thu thuế; hồ sơ cần kiểm tra trong thời hạn 10 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế/không thu thuế (theo quy định tại khoản 3 Điều 60 Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 được sửa đổi bổ sung tại khoản 18 Điều 1 Luật Quản lý thuế số 21/2012/QH13) báo cáo về Cục Hải quan tỉnh, thành phố. Lãnh đạo Cục Hải quan tỉnh, thành phố tổ chức thực hiện việc kiểm tra sau hoàn thuế (đối với các hồ sơ thuộc diện hoàn thuế/không thu thuế trước, kiểm tra sau) theo quy định tại khoản 63 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC sửa đổi bổ sung Điều 129 Thông tư 38/2015/TT-BTC”.

Theo điểm 5 Điều 21 quy trình hoàn thuế ban hành kèm theo Quyết định số 3394/QĐ-TCHQ ngày 31/12/2023 của Tổng Cục trưởng Tổng cục Hải quan hướng dẫn: “a) Định kỳ hàng tháng, Chi cục Hải quan đã ban hành Quyết định hoàn thuế lập danh mục hồ sơ kiểm tra sau hoàn thuế theo quy định tại khoản 4 Điều này, báo cáo về Cục Hải quan tỉnh, thành phố.

b) Cục trưởng Cục Hải quan nơi phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn ban hành Quyết định kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo trình tự, thủ tục kiểm tra sau thông quan tại trụ sở người nộp thuế và giao Chi cục Hải quan đã ban hành quyết định hoàn thuế thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế”.

Định kỳ hàng tháng các Chi cục hải quan đã ban hành quyết định hoàn thuế lập danh mục hồ sơ đã hoàn thuế báo cáo về Cục Hải quan tỉnh thành phố để thực hiện việc kiểm tra sau hoàn. Việc xác định thời hạn kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện ngay sau khi ban hành quyết định hoàn thuế. Cơ quan hải quan ban hành Quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo Mẫu số 07/TXNK Phụ lục I ban hành kèm Thông tư số 06/2021/TT-BTC ngày 22/01/2021 của Bộ Tài chính để thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế và thực hiện theo trình tự, thủ tục kiểm tra sau thông quan.

Tổng cục Hải quan trả lời để Cục Hải quan tỉnh An Giang, Cục Hải quan tỉnh Đồng Nai, Cục Hải quan tỉnh Nghệ An biết và thực hiện./.