Tổng cục Thuế nhận được công văn số 1603/CN-TC ngày 30/10/2009 của Chi nhánh Công ty xăng dầu quân đội tại TP. Hồ Chí Minh hỏi về việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Công văn số 4198/TCT-CS ngày 13/10/2009 của Tổng cục Thuế trả lời Cục thuế TP. Hồ Chí Minh có nội dung: "Trường hợp doanh nghiệp mua hàng hóa để xuất khẩu nhưng người bán hàng hóa không lập hóa đơn ngay khi giao hàng (khi chuyển giao quyền sở hữu hàng hóa) mà sau khi hàng hóa đã xuất khẩu ra nước ngoài rồi thì người bán mới lập hóa đơn GTGT giao cho doanh nghiệp xuất khẩu thì doanh nghiệp xuất khẩu không được khấu trừ thuế GTGT của hóa đơn do người bán xuất cho mà phải tính vào chi phí xuất khẩu hàng hóa."

Theo hướng dẫn tại công văn trên, đối với hàng hóa xuất khẩu nhưng hóa đơn mua hàng cho lô hàng xuất khẩu đó được lập sau khi hàng đã xuất khẩu thì doanh nghiệp xuất khẩu không được khấu trừ thuế GTGT của hóa đơn do người bán xuất cho mà phải tính vào chi phí của hàng hóa xuất khẩu.

2. Trường hợp cụ thể của Chi nhánh Công ty xăng dầu quân đội tại TP. Hồ Chí Minh (sau đây gọi chung là Chi nhánh)

Theo trình bày tại công văn, Chi nhánh là đơn vị hạch toán phụ thuộc Công ty xăng dầu quân đội và được Công ty xăng dầu quân đội ủy quyền nhận hàng nhập khẩu về cảng Sài Gòn. Khi hàng về cảng, Chi nhánh thực hiện việc chuyển tải, bơm rót nhập kho và hạch toán sổ sách theo giá tạm tính, do đó lượng hàng nhập khẩu khi nhập về chưa có thuế GTGT đầu vào, Công ty xăng dầu quân đội căn cứ vào hóa đơn thương mại của người xuất khẩu nước ngoài qua thông báo của ngân hàng thương mại nơi Công ty mở thư tín dụng nhập khẩu sau đó mới tính được giá vốn của lô hàng hóa nhập khẩu và xuất hóa đơn cho Chi nhánh theo đúng giá vốn để Chi nhánh điều chỉnh giá tạm nhập kho và kê khai thuế GTGT đầu vào.

Về việc khấu trừ thuế GTGT của Chi nhánh Công ty xăng dầu quân đội tại TP. Hồ Chí Minh, Tổng cục Thuế hướng dẫn văn bản quy phạm pháp luật áp dụng như sau:

Điểm 1.2.b Mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính quy định:

"b) Thuế GTGT đầu vào bằng (=) tổng số thuế GTGT ghi trên hóa đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ (bao gồm cả tài sản cố định) dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT, số thuế GTGT ghi trên chứng từ nộp thuế của hàng hóa nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam."

Theo trình bày nêu trên của Chi nhánh Công ty xăng dầu quân đội tại TP. Hồ Chí Minh: việc nhập khẩu xăng dầu có đặc điểm là Chi nhánh nhận hàng và nhận hóa đơn không thể diễn ra cùng thời điểm (do Chi nhánh phải chuyển tải, bơm rót hàng và Công ty đợi thông báo của ngân hàng về hóa đơn thương mại mới tính được giá vốn). Vì vậy căn cứ quy định tại điểm 1.2.b Mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính nêu trên: Chi nhánh Công ty xăng dầu quân đội tại TP. Hồ Chí Minh được căn cứ vào hóa đơn GTGT do Công ty xăng dầu quân đội xuất cho Chi nhánh để kê khai khấu trừ (hoặc hoàn) thuế GTGT trong trường hợp nêu trên.

Tổng cục Thuế trả lời để Chi nhánh Công ty xăng dầu quân đội tại TP. Hồ Chí Minh biết và liên hệ với Cục thuế thành phố Hồ Chí Minh để được xem xét cụ thể.