Công văn 6123/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm thống nhất việc áp dụng các quy định về thời hạn khai bổ sung hồ sơ hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Văn bản này giúp tháo gỡ các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan, đảm bảo quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp đồng thời nâng cao hiệu quả quản lý thuế của cơ quan hải quan.

- Quy định chi tiết về thời hạn khai bổ sung hồ sơ hải quan

• Trước khi cơ quan hải quan kiểm tra hồ sơ hoặc kiểm tra thực tế hàng hóa: Người khai hải quan được phép thực hiện khai bổ sung các thông tin trên tờ khai hải quan khi phát hiện có sai sót mà không bị xử phạt vi phạm hành chính.
• Trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan: Người khai hải quan phát hiện sai sót trong việc khai hải quan thì được thực hiện khai bổ sung. Điều kiện bắt buộc là việc khai bổ sung phải được thực hiện trước khi cơ quan hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan hoặc thanh tra tại trụ sở của người khai hải quan.
• Quá thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan: Người khai hải quan vẫn được quyền khai bổ sung nếu phát hiện sai sót. Tuy nhiên, việc khai bổ sung trong trường hợp này sẽ bị xử lý theo các quy định của pháp luật về quản lý thuế và pháp luật về xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan.

- Hướng dẫn xử lý nghĩa vụ thuế và chế tài xử phạt

• Trường hợp miễn xử phạt vi phạm hành chính: Doanh nghiệp tự phát hiện sai sót và chủ động khai bổ sung trong thời hạn quy định (trước khi cơ quan hải quan tiến hành kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế hoặc trong vòng 60 ngày kể từ ngày thông quan và trước khi có quyết định thanh tra, kiểm tra) sẽ không bị xử phạt vi phạm hành chính về hành vi khai sai.
• Trường hợp tính tiền chậm nộp và xử phạt: Đối với các hồ sơ khai bổ sung làm phát sinh tăng số tiền thuế phải nộp sau thời hạn quy định, hoặc sau khi cơ quan hải quan đã công bố quyết định kiểm tra, thanh tra, doanh nghiệp phải nộp đủ số tiền thuế thiếu, tiền chậm nộp (tính từ ngày thông quan hoặc ngày hết hạn nộp thuế đến ngày thực nộp) và bị xử phạt vi phạm hành chính theo quy định hiện hành.
• Xử lý số tiền thuế nộp thừa: Trường hợp việc khai bổ sung dẫn đến giảm số thuế phải nộp, cơ quan hải quan có trách nhiệm thực hiện thủ tục hoàn trả hoặc bù trừ số tiền thuế nộp thừa cho doanh nghiệp theo đúng trình tự, thủ tục quản lý thuế.

- Trách nhiệm tổ chức thực hiện của cơ quan hải quan các cấp

• Kiểm tra và đối chiếu chặt chẽ: Cục Hải quan các tỉnh, thành phố có trách nhiệm chỉ đạo các Chi cục Hải quan trực thuộc thực hiện kiểm tra kỹ lưỡng nội dung khai bổ sung của doanh nghiệp, đối chiếu với hồ sơ thực tế và các quy định pháp luật liên quan để quyết định chấp nhận hoặc bác bỏ nội dung khai bổ sung một cách khách quan, chính xác.
• Đảm bảo tính thống nhất: Cơ quan hải quan địa phương phải áp dụng đồng bộ các hướng dẫn về thời hạn khai bổ sung, tránh tình trạng áp dụng không thống nhất gây khó khăn, phiền hà cho hoạt động xuất nhập khẩu của doanh nghiệp.
• Tăng cường công tác hậu kiểm: Đối với các tờ khai có nội dung khai bổ sung phức tạp hoặc có dấu hiệu rủi ro cao về thuế, cơ quan hải quan cần chuyển thông tin sang bộ phận kiểm tra sau thông quan để tiến hành thanh tra, kiểm tra theo quy định nhằm phòng chống gian lận thương mại và thất thu ngân sách nhà nước.