Kính gửi: Cục Hải quan tỉnh Đắk Lắk.

Tổng cục Hải quan nhận được công văn số 523/HQĐL-NV ngày 04/05/2016 của Cục Hải quan tỉnh Đắk Lắk đề nghị hướng dẫn về vướng mắc thuế giá trị gia tăng (GTGT) máy móc chuyên dùng phục vụ sản xuất nông nghiệp. Về vấn đề này, Tổng cục Hải quan có ý kiến như sau:

1. Về thời hạn áp dụng văn bản:

- Ngày 10/12/2015 Bộ Tài chính đã có công văn số 18355/BTC-CST hướng dẫn các Cục Hải quan địa phương về việc áp dụng công văn số 12848/BTC-CST ngày 15/09/2015, theo đó:

“Đối với các trường hợp doanh nghiệp đã kê khai, tính, nộp thuế GTGT; kê khai, khấu trừ thuế GTGT đối với các máy móc, thiết bị được hướng dẫn tại công văn số 12848/BTC-CST từ ngày 01/01/2015 đến ngày 15/09/2015 thì không Điều chỉnh lại. Riêng đối với trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu (hoặc mua) máy móc, thiết bị chuyên dùng khác phục vụ sản xuất nông nghiệp trước ngày 15/09/2015 đã kê khai, nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu (hoặc trả thuế GTGT khi mua hàng), bán ra từ ngày 15/09/2015 thì doanh nghiệp lập hóa đơn ghi không chịu thuế GTGT và được kê khai, bù trừ số thuế GTGT đầu vào với số thuế GTGT đầu ra phải nộp của các hàng hóa dịch vụ khác thay vì hoàn trả trực tiếp từ ngân sách nhà nước”.

- Về thời hạn áp dụng công văn số 1677/BTC-TCT ngày 29/01/2016: Tổng cục Hải quan đang báo cáo Bộ Tài chính hướng dẫn nội dung này.

2. Về thủ tục hoàn thuế:

- Để xác định là số thuế nộp thừa thì phải xác định được chính xác số thuế phải nộp nhỏ hơn số thuế đã nộp. Trường hợp người nộp thuế đã kê khai số thuế phải nộp và đã nộp thuế nhưng sau đó cơ quan hải quan căn cứ quy định hiện hành xác định lại số thuế phải nộp thì được coi là trường hợp ấn định lại số tiền thuế phải nộp (ấn định giảm). Sau khi đã ấn định giảm số thuế phải nộp thì số đã nộp sẽ là số nộp thừa trên hệ thống.

- Về vướng mắc liên quan đến công văn số 2915/TCHQ-TXNK ngày 11/04/2016 của Tổng cục Hải quan: Việc đề nghị các Cục Hải quan tỉnh, thành phố không thực hiện hoàn trả thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa của Công ty Louis Vuitton Việt Nam theo nội dung công văn số 2915/TCHQ-TXNK ngày 11/04/2016 của Tổng cục Hải quan được thực hiện trên cơ sở cam kết không đề nghị hoàn trả thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa của Công ty và đề nghị của Cục Thuế TP. Hà Nội nhằm tạo Điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp và được áp dụng đối với những tờ khai đã được xác định cụ thể của Công ty. Như vậy, sau khi doanh nghiệp hoàn thành mọi nghĩa vụ nộp thuế tại cơ quan hải quan, phần tiền thuế còn thừa của các tờ khai đã thống kê tại công văn số 13588/CT-TTr2 của Cục Thuế TP. Hà Nội theo cam kết của Công ty sẽ được tiếp tục khấu trừ tại cơ quan Thuế nội địa.

Đối với những trường hợp thuộc đối tượng nộp nhầm, nộp thừa tiền thuế GTGT hàng nhập khẩu khác, cơ quan hải quan thực hiện theo đúng quy định tại Điều 132 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/03/2015 của Bộ Tài chính.

Tổng cục Hải quan trả lời để Cục Hải quan tỉnh Đắk Lắk biết và thực hiện.