Công văn 5559/BTC-TCT năm 2020 do Bộ Tài chính ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng về công tác quản lý và giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT). Văn bản này tập trung tháo gỡ các vướng mắc, thống nhất quy trình thực hiện và thắt chặt quản lý thuế nhằm đảm bảo việc hoàn thuế đúng đối tượng, đúng quy định pháp luật.

1. Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư

Công văn hướng dẫn chi tiết về điều kiện và trường hợp dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT, cụ thể như sau:

• Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, hoặc cơ sở kinh doanh đang hoạt động có dự án đầu tư mới cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố đang trong giai đoạn đầu tư thì được hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư.
• Số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng cho đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sẽ được hoàn thuế GTGT.
• Doanh nghiệp phải thực hiện góp đủ số vốn điều lệ đã đăng ký theo quy định của pháp luật. Trường hợp dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ vốn điều lệ đã đăng ký thì không được hoàn thuế GTGT.
• Đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề có điều kiện hoặc chưa đủ điều kiện kinh doanh thì chưa được xét hoàn thuế GTGT.

2. Các trường hợp không được hoàn thuế giá trị gia tăng

Bộ Tài chính lưu ý các cơ quan thuế kiểm tra kỹ các trường hợp không thuộc diện được hoàn thuế GTGT bao gồm:

• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký.
• Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.
• Hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan.

3. Phân loại và xử lý hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng

Công văn 5559/BTC-TCT nhấn mạnh việc phân loại hồ sơ hoàn thuế để áp dụng biện pháp quản lý thuế phù hợp:

• Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau: Áp dụng đối với người nộp thuế đáp ứng đầy đủ các điều kiện về tuân thủ pháp luật thuế, không thuộc diện rủi ro cao về thuế.
• Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau: Áp dụng đối với các trường hợp hoàn thuế lần đầu; người nộp thuế có hành vi vi phạm về thuế, hải quan trong vòng 2 năm gần nhất; người nộp thuế có rủi ro cao về thuế theo tiêu chí đánh giá của cơ quan thuế; hoặc các dự án đầu tư có dấu hiệu nghi ngờ về tính pháp lý của hóa đơn, chứng từ mua vào.

4. Tăng cường công tác thanh quan, kiểm tra và giám sát hoàn thuế

Để ngăn chặn tình trạng gian lận hoàn thuế GTGT, Bộ Tài chính yêu cầu cơ quan thuế các cấp thực hiện nghiêm túc các biện pháp sau:

• Tăng cường đối chiếu, xác minh hóa đơn mua vào của các doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế. Đặc biệt lưu ý các hóa đơn từ các doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế hoặc doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh.
• Phối hợp chặt chẽ với cơ quan Hải quan để kiểm tra thực tế hàng hóa xuất khẩu, đối chiếu tờ khai hải quan và chứng từ thanh toán qua ngân hàng nhằm đảm bảo giao dịch xuất khẩu là có thật.
• Thực hiện thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế đối với các hồ sơ thuộc diện hoàn trước kiểm sau trong thời hạn quy định để kịp thời phát hiện và xử lý nghiêm các hành vi gian lận, chiếm đoạt tiền hoàn thuế của Nhà nước.

5. Trách nhiệm của cơ quan thuế và cán bộ công chức

Công văn cũng xác định rõ trách nhiệm của thủ trưởng cơ quan thuế các cấp và cán bộ trực tiếp thụ lý hồ sơ hoàn thuế:

• Giải quyết hồ sơ hoàn thuế đúng thời hạn quy định, không gây phiền hà, sách nhiễu cho người nộp thuế.
• Chịu trách nhiệm toàn diện về tính chính xác, khách quan của kết quả kiểm tra, thanh tra hoàn thuế.
• Trường hợp phát hiện cán bộ thuế có hành vi bao che, thông đồng hoặc thiếu trách nhiệm dẫn đến việc hoàn thuế sai quy định thì phải xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật.