Công văn 5116/TCT-KK do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng dành cho các cơ quan thuế địa phương và người nộp thuế nhằm giải quyết các vướng mắc trong việc xác định kỳ hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT). Nội dung công văn tập trung làm rõ phương án xử lý đối với các trường hợp chuyển đổi kỳ khai thuế từ tháng sang quý hoặc ngược lại, đảm bảo tính liên tục và đúng quy định pháp luật.

- Nguyên tắc xác định kỳ hoàn thuế GTGT khi chuyển đổi kỳ khai thuế

• Khi người nộp thuế thực hiện chuyển đổi kỳ khai thuế GTGT (từ khai theo tháng sang khai theo quý hoặc ngược lại) theo quy định của pháp luật về quản lý thuế, việc xác định kỳ hoàn thuế phải đảm bảo nguyên tắc liên tục, không ngắt quãng và không trùng lặp về mặt thời gian.
• Số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết của giai đoạn trước khi chuyển đổi kỳ khai thuế sẽ được kết chuyển liên tục sang kỳ khai thuế mới để tiếp tục khấu trừ hoặc làm căn cứ tính hoàn thuế khi đáp ứng đủ điều kiện.
• Việc tính toán các mốc thời gian hoặc số kỳ khai thuế liên tục để xét hoàn thuế được căn cứ vào thời gian thực tế phát sinh của từng kỳ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế.

- Hướng dẫn hoàn thuế đối với dự án đầu tư và hoạt động xuất khẩu

• Đối với dự án đầu tư: Trường hợp doanh nghiệp đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh, kỳ hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư được xác định đồng bộ với kỳ khai thuế GTGT (tháng hoặc quý) mà doanh nghiệp đang áp dụng.
• Đối với hoạt động xuất khẩu: Doanh nghiệp có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên sẽ được xét hoàn thuế theo tháng hoặc theo quý, tương ứng với kỳ khai thuế hiện hành của doanh nghiệp.
• Trong giai đoạn chuyển đổi giữa khai thuế theo tháng và theo quý, cơ quan thuế sẽ thực hiện đối chiếu, cộng dồn số thuế đầu vào hợp pháp của các tháng/quý thuộc phạm vi đề nghị hoàn để xác định chính xác số thuế được hoàn, tránh việc bỏ sót hoặc hoàn trùng.

- Trách nhiệm của người nộp thuế và cơ quan thuế quản lý

• Người nộp thuế có trách nhiệm kê khai đầy đủ, chính xác và trung thực các chỉ tiêu trên tờ khai thuế GTGT, đặc biệt là chỉ tiêu thuế GTGT đầu vào chuyển kỳ sau và số thuế đề nghị hoàn tại các kỳ chuyển đổi phương pháp khai thuế.
• Cơ quan thuế có trách nhiệm hướng dẫn người nộp thuế thực hiện đúng quy trình kê khai, tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế và tiến hành thanh tra, kiểm tra theo quy định để đảm bảo việc hoàn thuế được thực hiện đúng đối tượng, đúng chính sách.