Công văn 45073/CT-TTHT do Cục Thuế thành phố Hà Nội ban hành năm 2020 là văn bản hướng dẫn quan trọng về việc xác định và xử lý thuế đối với các doanh nghiệp có phát sinh giao dịch liên kết. Văn bản này tập trung làm rõ các quy định về xác định quan hệ liên kết, nghĩa vụ kê khai thông tin và nguyên tắc khống chế chi phí lãi vay được trừ khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp.

1. Xác định các bên có quan hệ liên kết

Theo hướng dẫn, việc xác định các bên có quan hệ liên kết được thực hiện theo quy định của pháp luật về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết. Các trường hợp điển hình bao gồm:

• Một doanh nghiệp nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp ít nhất 25% vốn góp của chủ sở hữu của doanh nghiệp kia.
• Cả hai doanh nghiệp đều có ít nhất 25% vốn góp của chủ sở hữu do một bên thứ ba nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp.
• Một doanh nghiệp là cổ đông lớn nhất về vốn góp của chủ sở hữu của doanh nghiệp kia, nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp ít nhất 10% tổng số cổ phần của doanh nghiệp kia.
• Doanh nghiệp bảo lãnh hoặc cho một doanh nghiệp khác vay vốn dưới bất kỳ hình thức nào với điều kiện khoản vốn vay ít nhất bằng 25% vốn góp của chủ sở hữu của doanh nghiệp đi vay và chiếm trên 50% tổng giá trị các khoản nợ trung và dài hạn của doanh nghiệp đi vay.

2. Quy định về khống chế chi phí lãi vay được trừ

Công văn nhấn mạnh nguyên tắc xác định chi phí lãi vay hợp lý đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, đặc biệt là việc áp dụng quy định khống chế chi phí lãi vay theo quy định pháp luật hiện hành:

• Tổng chi phí lãi vay được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp không vượt quá 30% của tổng lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh trong kỳ cộng chi phí lãi vay ròng cộng chi phí khấu hao trong kỳ (EBITDA).
• Chi phí lãi vay ròng được xác định bằng chi phí lãi vay phát sinh trong kỳ trừ đi doanh thu lãi tiền gửi và lãi cho vay phát sinh trong kỳ của doanh nghiệp.
• Phần chi phí lãi vay không được trừ vượt mức khống chế 30% sẽ được chuyển sang kỳ tính thuế tiếp theo khi xác định tổng chi phí lãi vay được trừ. Thời gian chuyển chi phí lãi vay tính liên tục không quá 05 năm kể từ năm tiếp sau năm phát sinh chi phí lãi vay không được trừ.

3. Nghĩa vụ kê khai và lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết

Doanh nghiệp có phát sinh giao dịch liên kết có trách nhiệm thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ về thủ tục hành chính thuế bao gồm:

• Kê khai thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết theo các mẫu biểu quy định kèm theo hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp.
• Lập và lưu giữ Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết bao gồm Hồ sơ quốc gia, Hồ sơ toàn cầu và Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia theo quy định.
• Người nộp thuế được miễn lập Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết trong một số trường hợp cụ thể nếu đáp ứng các điều kiện về ngưỡng doanh thu và giá trị giao dịch liên kết theo quy định của Chính phủ.

4. Nguyên tắc thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế

Cục Thuế thành phố Hà Nội lưu ý việc quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết sẽ được thực hiện chặt chẽ dựa trên các nguyên tắc sau:

• Cơ quan thuế áp dụng nguyên tắc giao dịch độc lập để so sánh, xác định giá trị giao dịch liên kết, từ đó điều chỉnh mức thu nhập chịu thuế nếu doanh nghiệp kê khai không đúng thực tế làm giảm nghĩa vụ thuế tại Việt Nam.
• Các trường hợp không kê khai, kê khai không đầy đủ hoặc không nộp Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết đúng hạn sẽ bị xử lý vi phạm hành chính và có thể bị ấn định thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế.