Công văn 4443/TCT-KK do Tổng cục Thuế ban hành năm 2015 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng dành cho Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và các doanh nghiệp về việc thực hiện khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các dự án đầu tư. Văn bản này giúp làm rõ các quy trình kê khai, bù trừ thuế giữa hoạt động sản xuất kinh doanh và hoạt động đầu tư, đảm bảo quyền lợi hợp pháp của người nộp thuế đồng thời tăng cường hiệu quả quản lý thuế.

1. Nguyên tắc kê khai và khấu trừ thuế GTGT đối với dự án đầu tư

Theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế, việc kê khai và khấu trừ thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư được thực hiện theo các nguyên tắc chặt chẽ sau:

• Kê khai riêng biệt: Người nộp thuế đang hoạt động sản xuất kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ khi có dự án đầu tư mới tại cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính thì phải lập hồ sơ khai thuế GTGT riêng cho dự án đầu tư.
• Sử dụng mẫu tờ khai chuyên dùng: Doanh nghiệp phải sử dụng Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư (Mẫu số 02/GTGT) để phản ánh toàn bộ số thuế GTGT đầu vào phát sinh từ các chi phí mua sắm hàng hóa, dịch vụ phục vụ cho dự án.
• Bù trừ thuế GTGT: Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư phải được bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện tại trụ sở chính trong cùng kỳ tính thuế.

2. Quy trình xử lý số thuế GTGT sau khi bù trừ

Công văn hướng dẫn chi tiết phương án xử lý số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư sau khi đã thực hiện bù trừ với hoạt động sản xuất kinh doanh tại trụ sở chính:

• Trường hợp số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết dưới 300 triệu đồng: Số thuế này sẽ không được hoàn trong kỳ mà phải chuyển sang kỳ tính thuế tiếp theo để tiếp tục khấu trừ và bù trừ.
• Trường hợp số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên: Doanh nghiệp được xem xét hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về thuế GTGT hiện hành.
• Điều kiện hoàn thuế: Dự án đầu tư phải được thực hiện bởi cơ sở kinh doanh có đầy đủ hồ sơ pháp lý, đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế và thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định.

3. Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

Tổng cục Thuế lưu ý cơ quan thuế địa phương cần kiểm tra kỹ các trường hợp không được áp dụng chính sách hoàn thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư, bao gồm:

• Dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định: Các khoản chi phí phát sinh không đủ điều kiện ghi nhận là tài sản cố định theo quy định của Bộ Tài chính.
• Chưa góp đủ vốn điều lệ: Doanh nghiệp chưa thực hiện góp đủ số vốn điều lệ đã đăng ký theo tiến độ ghi trong điều lệ doanh nghiệp hoặc giấy chứng nhận đầu tư.
• Dự án khai thác tài nguyên, khoáng sản: Các dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc các dự án sản xuất sản phẩm mà tổng giá trị tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên.

4. Trách nhiệm tổ chức thực hiện của cơ quan thuế

Để đảm bảo tính thống nhất và ngăn ngừa gian lận thuế, Tổng cục Thuế yêu cầu Cục Thuế các địa phương thực hiện các nhiệm vụ sau:

• Tăng cường thanh tra, kiểm tra: Thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau đối với các hồ sơ hoàn thuế GTGT của dự án đầu tư thuộc diện rủi ro cao hoặc doanh nghiệp mới thành lập.
• Hướng dẫn người nộp thuế: Tuyên truyền, phổ biến và hướng dẫn kịp thời cho các doanh nghiệp trên địa bàn thực hiện đúng quy trình kê khai mẫu 02/GTGT để tránh sai sót dẫn đến bị xử phạt hoặc chậm trễ trong việc hoàn thuế.
• Xử lý nghiêm sai phạm: Trường hợp phát hiện doanh nghiệp sử dụng hóa đơn bất hợp pháp hoặc kê khai khống chi phí đầu tư để trục lợi tiền hoàn thuế, cơ quan thuế sẽ tiến hành truy thu, xử phạt hành chính hoặc chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra nếu có dấu hiệu tội phạm.