b) Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT.”

Bộ Tài chính có công văn số 10220/BTC-TCT ngày 20/07/2009 về việc điều kiện chứng từ thanh toán qua ngân hàng để khấu trừ, hoàn thuế GTGT hướng dẫn: “1. Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 20 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán mở tại tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán theo các hình thức thanh toán phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành như séc, ủy nhiệm chi hoặc lệnh chi, ủy nhiệm thu, thẻ ngân hàng và các hình thức khác theo quy định...

3. Các chứng từ và trường hợp sau đây không đủ điều kiện để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 20 triệu đồng trở lên:

a) Chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán.

b) Chứng từ thanh toán theo các hình thức không phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành...

5. Đối với trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 20 triệu đồng trở lên trong thời hạn từ 01/01/2009 đến hết ngày 30/03/2009 có chứng từ chứng minh việc nộp tiền mặt vào tài khoản bên bán hoặc có chứng từ việc chuyển tiền vào tài khoản bên bán được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.”

Thời gian đầu các doanh nghiệp thực hiện chứng từ thanh toán qua ngân hàng để khấu trừ, hoàn thuế GTGT theo quy định tại Thông tư số 129/2008/TT-BTC thì Bộ Tài chính gia hạn chấp thuận trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 20 triệu đồng trở lên trong thời hạn từ 01/01/2009 đến hết ngày 30/03/2009 có chứng từ chứng minh việc nộp tiền mặt vào tài khoản bên bán hoặc có chứng từ việc chuyển tiền vào tài khoản bên bán được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Từ 01/04/2009 thì chứng từ chứng minh việc nộp tiền mặt vào tài khoản bên bán hoặc có chứng từ việc chuyển tiền vào tài khoản bên bán không được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Tại công văn số 12549/BTC-TCT ngày 21/9/2010 của Bộ Tài chính về khấu trừ thuế hướng dẫn như sau: Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào có giá trị trên 20 triệu đồng phát sinh từ 01/04/2009 đến hết ngày 31/07/2009 cơ sở kinh doanh đã thanh toán bằng cách nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán và đã khai thuế GTGT đầu vào. Sau đó cơ sở kinh doanh tự phát hiện sai sót và khắc phục bằng cách thực hiện chuyển khoản qua ngân hàng cho bên bán hàng trên cơ sở thỏa thuận với đơn vị bán hàng nhưng phải trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm thuế tại trụ sở người nộp thuế theo quy định tại điểm 5.1, mục I, phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC nêu trên thì cơ sở kinh doanh vẫn được được khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các hóa đơn mua hàng này theo quy định.

Đề nghị UBND tỉnh Khánh Hòa căn cứ quy định nêu trên để chỉ đạo các đơn vị, doanh nghiệp trên địa bàn tỉnh thực hiện theo đúng quy định pháp luật về thuế GTGT.

Tổng cục Thuế trả lời để UBND tỉnh Khánh Hòa biết và chỉ đạo các đơn vị trên địa bàn tỉnh thực hiện./.