Ngày 21/03/2014, Bộ Tài chính đã có công văn số 3614/BTC-PC về việc hướng dẫn triển khai thực hiện Thông tư số 150/2013/TT-BTC ngày 29/10/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về lập, quản lý và việc thực hiện hoàn thuế từ quỹ hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT).

Để đảm bảo thực hiện Thông tư được thống nhất, đồng bộ, kịp thời giải quyết các vướng mắc thực tế phát sinh, tiếp theo, Bộ Tài chính hướng dẫn thêm như sau:

1. Người nộp thuế, cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền phát hiện số tiền thuế GTGT đã được hoàn trả thừa từ dự toán hoàn thuế GTGT hoặc từ Quỹ hoàn thuế GTGT (sau đây gọi là thu hồi hoàn thuế GTGT), trừ trường hợp hoàn thuế GTGT nộp nhầm, nộp thừa cho người nộp thuế thì: người nộp thuế phải nộp lại số tiền thu hồi hoàn thuế GTGT vào ngân sách nhà nước theo quy định của Luật Quản lý thuế; số tiền thu hồi hoàn thuế GTGT do người nộp thuế thực hiện nộp trong năm ngân sách nào thì được Kho bạc Nhà nước hạch toán giảm chi hoàn thuế GTGT của năm ngân sách tương ứng với ngày Kho bạc Nhà nước hạch toán chứng từ nộp tiền thu hồi hoàn thuế (tài khoản 8991 tại Văn phòng Kho bạc Nhà nước tỉnh).

Một số trường hợp cụ thể được thực hiện như sau:

a) Đối với số thu hồi hoàn thuế GTGT phát sinh trong thời gian chỉnh lý quyết toán năm trước thì hạch toán giảm chi hoàn thuế GTGT năm hiện tại. Hướng dẫn này áp dụng đối với các chứng từ nộp tiền thu hồi hoàn thuế có ngày chứng từ bắt đầu từ ngày 01/01/2016 trở đi.

b) Đối với số thu hồi hoàn thuế GTGT từ số đã hoàn của năm 2014 phát sinh sau thời gian chỉnh lý quyết toán (sau thời điểm 31/01/2015) và số thu hồi hoàn thuế GTGT từ số đã hoàn của năm 2015 phát sinh sau thời gian chỉnh lý quyết toán năm 2015 (sau thời điểm 31/01/2016) mà Kho bạc Nhà nước đã thực hiện hạch toán vào tài khoản trung gian (tài khoản 3999, 1399) thì thực hiện điều chỉnh từ tài khoản trung gian này để giảm chi hoàn thuế GTGT năm 2016 (tài khoản 8991 tại Văn phòng Kho bạc Nhà nước tỉnh).

c) Đối với số thu hồi hoàn thuế GTGT từ số đã hoàn của năm 2013 trở về trước đang được theo dõi trên tài khoản 3121- Phải trả về Thuế GTGT hoàn trả thừa, Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh chuyển về tài khoản 3761 - Tiền gửi của các quỹ (Quỹ hoàn thuế GTGT) mở tại Sở giao dịch Kho bạc Nhà nước theo quy định.

2. Trường hợp cơ quan thuế, Kho bạc Nhà nước khi hoàn trả số tiền thuế GTGT nộp nhầm, nộp thừa cho người nộp thuế (theo quy định tại khoản 13 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế) nhưng hạch toán chi nhầm từ Quỹ hoàn thuế GTGT hoặc dự toán hoàn thuế GTGT thì:

Thực hiện theo hướng dẫn quy định tại Tiết 6.3 Mục I Phần B Thông tư 128/2008/TT-BTC ngày 24/12/2008 hướng dẫn quản lý các khoản thu ngân sách nhà nước qua Kho bạc Nhà nước: “Trường hợp hoàn trả các khoản thu thuộc năm ngân sách, nếu KBNN thực hiện hoàn trả trước khi kết thúc thời hạn chỉnh lý quyết toán NSNN năm đó, thì hạch toán giảm thu năm ngân sách, theo từng cấp ngân sách, đúng mục lục NSNN của các khoản đã thu; nếu hoàn trả sau thời gian chỉnh lý quyết toán ngân sách, thì hạch toán chi ngân sách năm sau của tùng cấp ngân sách, theo số tiền tương ứng với tỷ lệ phân chia khoản thu cho từng cấp ngân sách trước đó”, Cục Thuế, Chi cục Thuế phối hợp với Kho bạc Nhà nước trên địa bàn để thực hiện điều chỉnh như sau:

a) Đối với Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước/ Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước (sau đây gọi tắt là Lệnh hoàn) đã hạch toán chi hoàn thuế từ dự toán hoàn thuế GTGT năm 2014, 2015: Kho bạc nhà nước hạch toán chi ngân sách nhà nước năm 2015 theo từng cấp ngân sách tương ứng với tỷ lệ phân chia khoản thu cho từng cấp ngân sách trước đó (Tài khoản 8951, Mã Đơn vị quan hệ ngân sách: 0000000, Tiểu mục 7652- Chi hoàn trả các khoản thu về thuế nội địa); đồng thời hạch toán giảm chi hoàn thuế GTGT (Tài khoản 8991) năm 2016 tại Văn phòng Kho bạc Nhà nước tỉnh.

b) Đối với Lệnh hoàn đã hạch toán chi hoàn thuế từ dự toán hoàn thuế GTGT năm 2016: Kho bạc nhà nước thực hiện điều chỉnh theo hướng dẫn tại Tiết 6.3 Mục I Phần B Thông tư 128/2008/TT-BTC ngày 24/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thu và quản lý các khoản thu ngân sách nhà nước qua Kho bạc Nhà nước; đồng thời hạch toán giảm chi hoàn thuế GTGT (tài khoản 8991) năm 2016 tại Văn phòng Kho bạc Nhà nước tỉnh.

3. Định kỳ, chậm nhất trước ngày 10 tháng sau, Kho bạc Nhà nước thực hiện đối chiếu số liệu tài khoản với cơ quan thuế trước khi khoá sổ (gồm có số dư đầu kỳ, phát sinh trong kỳ, số dư cuối kỳ của dự toán hoàn thuế GTGT, số thực chi hoàn thuế GTGT, số thu hồi hoàn thuế GTGT). Trường hợp phát hiện có sai sót, hai bên phối hợp điều chỉnh theo quy định. Đồng thời, Kho bạc Nhà nước, Cục Thuế tỉnh, thành phố lập và gửi báo cáo đã đối chiếu về Kho bạc Nhà nước, Tổng cục Thuế chậm nhất trước ngày 15 của tháng sau.

4. Trách nhiệm của các đơn vị:

- Kho bạc nhà nước có trách nhiệm hướng dẫn Kho bạc nhà nước địa phương phối hợp với cơ quan thuế trên địa bàn thực hiện hạch toán, theo dõi số thu hồi tiền hoàn thuế GTGT theo đúng quy định.

- Tổng cục Thuế có trách nhiệm hướng dẫn cơ quan thuế các cấp, người nộp thuế nộp tiền thu hồi hoàn thuế GTGT theo đúng quy định; phối hợp với Kho bạc nhà nước, Vụ Ngân sách nhà nước theo dõi số thu hồi tiền hoàn thuế GTGT và thực hiện quyết toán Quỹ hoàn thuế GTGT, chi hoàn thuế GTGT theo đúng quy định.

- Các đơn vị hoàn thành việc rà soát, điều chỉnh số liệu trước ngày 15/4/2016.

Trong quá trình thực hiện nếu có vướng mắc, đề nghị các đơn vị phản ánh kịp thời về Kho bạc nhà nước, Tổng cục Thuế để xử lý theo thẩm quyền hoặc báo cáo Bộ Tài chính nghiên cứu giải quyết.