Công văn 3989/TXNK-CST do Cục Thuế xuất nhập khẩu ban hành năm 2017 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm tháo gỡ các vướng mắc liên quan đến thủ tục hoàn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa đã nộp thuế nhưng phải tái xuất. Văn bản này căn cứ trực tiếp vào các quy định của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 và Nghị định số 134/2016/NĐ-CP để hướng dẫn thống nhất cho các cơ quan hải quan địa phương và doanh nghiệp.

1. Các trường hợp được hoàn thuế nhập khẩu theo hướng dẫn

Công văn làm rõ các trường hợp cụ thể mà người nộp thuế được xét hoàn lại số tiền thuế nhập khẩu đã nộp trước đó, bao gồm:

• Hàng hóa nhập khẩu nhưng phải tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài, tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan để sử dụng trong khu phi thuế quan.
• Hàng hóa nhập khẩu ban đầu phục vụ mục đích sản xuất, kinh doanh nhưng sau đó không sử dụng và được tái xuất nguyên trạng ra nước ngoài hoặc vào khu phi thuế quan.
• Hàng hóa nhập khẩu chưa qua quá trình gia công, chế biến, sử dụng tại Việt Nam và được cơ quan hải quan xác nhận thực tế đã xuất khẩu.

2. Điều kiện áp dụng chính sách hoàn thuế

Để được cơ quan hải quan giải quyết hoàn thuế nhập khẩu, doanh nghiệp phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện pháp lý sau:

• Hàng hóa xuất khẩu phải được xác định chính xác là hàng hóa đã nhập khẩu trước đó (đảm bảo tính đồng nhất về chủng loại, số lượng, đặc tính kỹ thuật).
• Hàng hóa chưa qua sử dụng, gia công hoặc chế biến tại thị trường nội địa Việt Nam.
• Doanh nghiệp phải hoàn thành đầy đủ thủ tục hải quan đối với cả tờ khai nhập khẩu và tờ khai xuất khẩu tương ứng.
• Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với giao dịch xuất khẩu và nhập khẩu theo đúng quy định của pháp luật về quản lý thuế và ngoại hối.

3. Thành phần hồ sơ hoàn thuế nhập khẩu

Người nộp thuế có yêu cầu hoàn thuế cần chuẩn bị và nộp cho cơ quan hải quan bộ hồ sơ đầy đủ bao gồm:

• Công văn yêu cầu hoàn thuế nhập khẩu, trong đó giải trình chi tiết lý do tái xuất hàng hóa và cam kết về tính chính xác của thông tin khai báo.
• Tờ khai hải quan nhập khẩu và tờ khai hải quan xuất khẩu đã được thông quan và xác nhận thực xuất của cơ quan hải quan.
• Hợp đồng mua bán hàng hóa, hóa đơn thương mại liên quan đến cả giao dịch nhập khẩu và xuất khẩu.
• Chứng từ nộp thuế nhập khẩu ban đầu (giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước) và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cho lô hàng xuất khẩu.
• Văn bản thỏa thuận trả lại hàng hóa ký kết với đối tác nước ngoài (nếu có).

4. Trách nhiệm kiểm tra và xử lý của cơ quan hải quan

Cục Thuế xuất nhập khẩu yêu cầu các Chi cục Hải quan địa phương thực hiện nghiêm túc công tác kiểm tra hồ sơ hoàn thuế:

• Thực hiện đối chiếu chặt chẽ thông tin giữa hồ sơ nhập khẩu và hồ sơ xuất khẩu để ngăn chặn các hành vi gian lận, trục lợi chính sách hoàn thuế.
• Giải quyết hồ sơ hoàn thuế đúng thời hạn quy định của Luật Quản lý thuế nhằm hỗ trợ tối đa cho dòng vốn của doanh nghiệp.
• Áp dụng quản lý rủi ro, tiến hành thanh tra, kiểm tra sau thông quan đối với các trường hợp hoàn thuế có dấu hiệu nghi vấn hoặc giá trị hoàn thuế lớn.