Công văn 3953/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng liên quan đến việc xác định và áp dụng các chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Văn bản này tập trung tháo gỡ các vướng mắc cho doanh nghiệp trong quá trình thực hiện dự án đầu tư, đảm bảo việc áp dụng chính sách thuế đúng quy định và thống nhất trên phạm vi cả nước.

- Nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

Tổng cục Thuế nhấn mạnh các nguyên tắc nền tảng mà doanh nghiệp cần tuân thủ nghiêm ngặt để được hưởng các quyền lợi về ưu đãi thuế TNDN:

• Ưu đãi thuế TNDN chỉ áp dụng đối với những doanh nghiệp thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật và thực hiện đăng ký thuế, nộp thuế theo phương pháp kê khai.
• Doanh nghiệp phải tự xác định các điều kiện ưu đãi, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế và số lỗ được miễn trừ vào thu nhập chịu thuế để tự kê khai và tự quyết toán thuế với cơ quan thuế.
• Trong cùng một kỳ tính thuế, nếu có khoản thu nhập được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau đối với cùng một dự án đầu tư thì doanh nghiệp được chủ động lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất cho mình.

- Tiêu chí xác định ưu đãi đối với dự án đầu tư mới và dự án đầu tư mở rộng

Văn bản hướng dẫn chi tiết cách phân loại dự án đầu tư để áp dụng khung ưu đãi thuế phù hợp, cụ thể:

• Dự án đầu tư mới: Là dự án được cấp phép thực hiện lần đầu hoặc dự án hoạt động độc lập với dự án đang hoạt động. Thu nhập từ dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế nếu đáp ứng các điều kiện về địa bàn ưu đãi đầu tư (như khu công nghiệp, khu kinh tế, địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn) hoặc thuộc lĩnh vực đặc biệt ưu đãi đầu tư theo quy định.
• Dự án đầu tư mở rộng: Áp dụng đối với doanh nghiệp đang hoạt động có dự án đầu tư phát triển quy mô sản xuất, nâng cao công suất hoặc đổi mới công nghệ. Doanh nghiệp cần đáp ứng các tiêu chí về giá trị tài sản cố định tăng thêm hoặc tỷ trọng công suất thiết kế tăng thêm để được lựa chọn hưởng ưu đãi theo dự án đang hoạt động hoặc hưởng ưu đãi theo tiêu chuẩn của dự án đầu tư mới cho phần thu nhập tăng thêm.

- Phương pháp hạch toán và phân bổ thu nhập được hưởng ưu đãi

Để đảm bảo tính minh bạch và tránh việc chuyển dịch lợi nhuận không đúng quy định, Tổng cục Thuế hướng dẫn phương pháp quản lý tài chính đối với doanh nghiệp có nhiều hoạt động kinh doanh:

• Doanh nghiệp có nghĩa vụ hạch toán riêng biệt phần thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế TNDN và phần thu nhập từ hoạt động không được hưởng ưu đãi.
• Trường hợp doanh nghiệp có khoản doanh thu hoặc chi phí dùng chung mà không thể hạch toán riêng biệt, doanh nghiệp phải thực hiện phân bổ theo tỷ lệ giữa doanh thu của hoạt động được hưởng ưu đãi trên tổng doanh thu thực tế phát sinh trong kỳ của doanh nghiệp.
• Các khoản thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư hoặc chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư hoàn toàn không được áp dụng ưu đãi thuế TNDN, ngoại trừ các trường hợp đặc thù được quy định riêng biệt trong Luật Thuế TNDN.

- Khuyến nghị thực hiện dành cho người nộp thuế

Nhằm hạn chế tối đa các rủi ro pháp lý và bị truy thu thuế khi cơ quan chức năng tiến hành thanh tra, kiểm tra, doanh nghiệp cần lưu ý:

• Chủ động đối chiếu các điều kiện thực tế của dự án đầu tư với các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN có hiệu lực tại thời điểm dự án bắt đầu phát sinh doanh thu hoặc thu nhập chịu thuế.
• Thiết lập hệ thống sổ sách kế toán rõ ràng, lưu trữ đầy đủ hồ sơ pháp lý của dự án đầu tư, chứng từ chứng minh việc đáp ứng các tiêu chí ưu đãi để xuất trình kịp thời khi có yêu cầu từ cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
• Trong trường hợp phát sinh các tình huống thực tế phức tạp chưa được quy định rõ ràng, doanh nghiệp cần lập văn bản kiến nghị gửi lên Cục Thuế địa phương để nhận được sự hướng dẫn cụ thể bằng văn bản.