Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Long An.

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 1626/CT-TTr ngày 02/12/2011 của Cục Thuế tỉnh Long An về việc ưu đãi thuế TNDN. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại điểm 6, Mục IV, Phần E, Thông tư số 134/2007/TT-BTC ngày 23/11/2007 của Bộ Tài chính quy định:

“6. Cơ sở kinh doanh đang trong thời gian ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra quyết toán thuế kiểm tra phát hiện tăng số thuế thu nhập doanh nghiệp của thời kỳ miễn thuế, giảm thuế thì cơ sở kinh doanh không hưởng miễn thuế, giảm thuế đối với số thuế thu nhập doanh nghiệp phát hiện tăng thêm. Số thuế thu nhập doanh nghiệp phát hiện tăng thêm cơ sở kinh doanh phải kê khai nộp vào Ngân sách Nhà nước theo mức thuế suất hiện hành hoặc mức thuế suất ưu đãi (nếu có) cơ sở kinh doanh đang được hưởng. Trong thời gian đang miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra quyết toán thuế kiểm tra phát hiện số thuế thu nhập doanh nghiệp miễn thuế, giảm thuế theo quy định nhỏ hơn so với đơn vị tự kê khai thì cơ sở kinh doanh chỉ miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo số thuế thu nhập doanh nghiệp do kiểm tra, thanh tra phát hiện. Ngoài ra cơ sở kinh doanh bị xử phạt vi phạm pháp luật về thuế theo quy định”.

Tại điểm 2.8, Mục I, Phần H, Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính quy định:

“2.8. Doanh nghiệp trong thời gian đang được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra kiểm tra phát hiện tăng số thuế thu nhập doanh nghiệp của thời kỳ miễn thuế, giảm thuế thì doanh nghiệp được hưởng miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định. Tùy theo lỗi của doanh nghiệp, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra áp dụng các mức xử phạt vi phạm pháp luật về thuế theo quy định.

- Doanh nghiệp đang trong thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra quyết toán thuế kiểm tra phát hiện số thuế thu nhập doanh nghiệp miễn thuế, giảm thuế theo quy định nhỏ hơn so với đơn vị tự kê khai thì doanh nghiệp chỉ được miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo số thuế thu nhập doanh nghiệp do kiểm tra, thanh tra phát hiện. Tùy theo lỗi của doanh nghiệp, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra áp dụng các mức xử phạt vi phạm pháp luật về thuế theo quy định.”

Tại điều 45 Luật đầu tư năm 2005 quy định:

“Điều 45. Thủ tục đăng ký đầu tư đối với dự án đầu tư trong nước

1. Đối với dự án đầu tư trong nước có quy mô vốn đầu tư dưới mười lăm tỷ đồng Việt Nam và không thuộc Danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện thì nhà đầu tư không phải làm thủ tục đăng ký đầu tư.

2. Đối với dự án đầu tư trong nước có quy mô vốn đầu tư từ mười lăm tỷ đồng Việt Nam đến dưới ba trăm tỷ đồng Việt Nam và không thuộc Danh mục lĩnh vực quản lý đầu tư cấp tỉnh.

- Trường hợp nhà đầu tư có yêu cầu cấp Giấy chứng nhận đầu tư thì cơ quan nhà nước quản lý đầu tư cấp tỉnh cấp Giấy chứng nhận đầu tư”.

Căn cứ vào các quy định nêu trên, Trường hợp nếu doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư, có quy mô vốn đầu tư từ mười lăm tỷ đồng Việt Nam đến dưới ba trăm tỷ đồng Việt Nam, không thuộc danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện và nhà đầu tư đã làm thủ tục đăng ký đầu tư đồng thời thực tế đáp ứng các điều kiện về ưu đãi thuế TNDN theo quy định hiện hành, khi cơ quan thuế kiểm tra thanh tra phát hiện tăng số thuế thu nhập doanh nghiệp của thời kỳ miễn thuế, giảm thuế (kể cả trường hợp chưa kê khai để hưởng ưu đãi) thì:

Đối với kỳ tính thuế năm 2008: trường hợp qua thanh tra, kiểm tra phát hiện tăng số thuế TNDN của thời kỳ miễn thuế, giảm thuế thì cơ sở kinh doanh không được hưởng miễn thuế, giảm thuế đối với số thuế TNDN phát hiện tăng thêm.

Đối với kỳ tính thuế năm 2009: Công ty được hưởng ưu đãi miễn giảm thuế TNDN theo quy định căn cứ vào điều kiện thực tế đáp ứng. Tùy theo lỗi của doanh nghiệp, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra áp dụng các mức xử phạt vi phạm pháp luật theo quy định.

Tổng cục Thuế thông báo để Cục Thuế tỉnh Long An biết. Đề nghị Cục Thuế căn cứ vào các quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật và điều kiện thực tế tại công ty để có hướng dẫn cụ thể./.