Công văn 3870/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành năm 2015 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ dành cho các cơ quan thuế địa phương và doanh nghiệp nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh liên quan đến chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Văn bản này đóng vai trò quan trọng trong việc thống nhất cách hiểu và áp dụng pháp luật thuế đối với các hoạt động sản xuất, kinh doanh đặc thù của doanh nghiệp.

Về thuế GTGT, văn bản tập trung làm rõ các nguyên tắc xác định đối tượng chịu thuế, khấu trừ thuế đầu vào và quản lý hóa đơn:

• Xác định đối tượng chịu thuế và không chịu thuế: Hướng dẫn chi tiết cách phân loại các hoạt động dịch vụ, chuyển nhượng tài sản hoặc chuyển nhượng quyền sử dụng đất để áp dụng đúng thuế suất GTGT hoặc xác định thuộc trường hợp không chịu thuế GTGT theo quy định pháp luật.
• Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào: Nhấn mạnh nguyên tắc khấu trừ thuế đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh. Doanh nghiệp phải đảm bảo có đầy đủ hóa đơn GTGT hợp pháp và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các giao dịch có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên.
• Sử dụng hóa đơn, chứng từ: Quy định về thời điểm lập hóa đơn và trách nhiệm của doanh nghiệp trong việc xuất hóa đơn khi hoàn thành việc cung ứng dịch vụ hoặc bàn giao tài sản.

Về thuế TNDN, công văn đưa ra các hướng dẫn cụ thể về việc xác định doanh thu, chi phí hợp lý và các khoản thu nhập khác:

• Xác định chi phí được trừ: Các khoản chi của doanh nghiệp chỉ được ghi nhận là chi phí được trừ khi tính thuế TNDN nếu đáp ứng đủ các điều kiện: thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh, có đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật, và có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hóa đơn có giá trị lớn.
• Hạch toán thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản: Hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện kê khai, nộp thuế riêng đối với thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản hoặc chuyển nhượng dự án, không được gộp chung để bù trừ với các khoản ưu đãi thuế TNDN của hoạt động sản xuất kinh doanh thông thường (trừ các trường hợp đặc biệt theo quy định của Luật Thuế TNDN).
• Áp dụng ưu đãi thuế TNDN: Làm rõ các điều kiện về địa bàn, lĩnh vực và quy mô đầu tư để doanh nghiệp được hưởng các chính sách ưu đãi về thuế suất hoặc miễn, giảm thuế TNDN đối với dự án đầu tư mới hoặc đầu tư mở rộng.

Để đảm bảo tuân thủ đúng tinh thần của Công văn 3870/TCT-CS, các doanh nghiệp cần lưu ý các điểm sau:

• Chủ động rà soát hệ thống chứng từ, hóa đơn đầu vào và đầu ra để đảm bảo tính hợp pháp, hợp lệ trước khi thực hiện quyết toán thuế.
• Thực hiện phân bổ và hạch toán riêng biệt các nguồn doanh thu, chi phí đối với các hoạt động được hưởng ưu đãi thuế và hoạt động không được hưởng ưu đãi thuế.
• Thường xuyên cập nhật các văn bản hướng dẫn chi tiết của Tổng cục Thuế để kịp thời điều chỉnh công tác kế toán tài chính tại đơn vị.